杨叶被困的时候，林清霞、狄龙、李联杰组成的三人小队也在想方设法救人。
经过一番令观众眼花缭乱的战斗之后，林清霞出现在车站，和杨叶紧紧相拥。
随后，杨叶进入矩阵世界，去见先知，询问更多的真相。
先知告诉杨叶，救世主其实是诞生于机器帝国源代码的程序。
他的权限并不仅限于矩阵这个机器帝国的子系统，而是超越了矩阵，把整个机器帝国都包含在了它的权限范围内。
因此，杨叶即使是在真实世界之中，也可以通过源代码间接向属于机器帝国的机器发送指令，从而感知这些机器，并干涉其行动。
在矩阵之中，先知和架构师是对立的存在，架构师负责维持平衡，而先知负责打乱平衡。
另一方面，在第一部中被杨叶摧毁的特工周比利，已经变成了一个超级病毒。
他正在不断地感染各个程序，将他们变成自己，他的目标是摧毁一切。
如果不阻止他，人类世界和机器世界都将被他毁灭。
与此同时，机器人大军已经逼近人类基地瀛洲，准备毁灭此地的人类。
人类自然不会屈服，奋力反击，和机器大军殊死一搏。
但人类终究不是机器人的对手，他们把最后的希望都寄托在杨叶身上。
为了拯救人类，杨叶和林清霞决定驾驶飞船，前往机器帝国。
但是，周比利感染了一个进入矩阵中的人类，借助这个人类的身体，通过网线来到了人类世界。
周比利阴了杨叶一把，烧毁了杨叶的眼睛。
好在，此时的杨叶即使在真实世界，也可以连接源代码，感知一切机器世界的组成部分。
所以，即使眼睛瞎了，他仍旧可以感知到周比利的存在，成功将其击杀。
但这只是周比利的一个分身而已，他还有无数个分身。
杨叶和林清霞继续前往机器城，结果遭到机器帝国防御系统的拦截。
刹那之间，数千门机器大炮同时发射，无数的机器炸弹朝着杨叶和林清霞的飞船飞了过来。
杨叶却通过向源代码发出自毁信号，命令这些机器炸弹全部自爆。