兵还归洛阳，进击杨懿。只交手一合，杨懿不敌战神朱儁，败逃关中。朱儁向东屯驻中牟，移书河南州郡，向各处郡守州牧请借兵马以讨董卓。
徐州刺史陶谦率先响应，遣精兵三千助之；其余州郡，亦有所给。
董卓闻说联军又来，遂命李傕、郭汜屯驻河南拒之。朱儁自知众寡不敌，于是停留不进。
初平三年，李傕、郭汜攻破长安。
百官多数逃避躲死，惟有司空种拂引数百禁军挥剑而出，与李傕交锋，战死阵前。
李傕、郭汜入朝，先杀王允及其全家，继而大力清除异己，就此掌握朝廷军政大权。
闪回结束，朱儁驻军中牟，兵指关中。
陶谦同诸豪共举朱儁为太师，并传檄各州牧伯，相邀一同讨伐李傕，奉迎天子。
李傕闻说大惊，听从太尉周忠、尚书贾诩计策，派人用天子诏书，征召朱儁入朝。
诏书下达，中牟军吏将士都不愿入关，皆劝与陶谦联合。朱儁却道：今天子在李傕等手中，彼便假天子命令召唤臣子，为臣者尚应不俟驾而往，况是天子亲手诏命乎？且李傕、郭汜乃是奸乱小人，樊稠、张济亦是平庸无用之辈，皆无远谋，又势力相等，变乱必生。我应打入其内部，乘其不备突然行动，则大事可成矣。
当下辞谢陶谦，奉诏入京，任为太仆。
汉献帝见朱儁入朝，知其忠贞无二，由是心下大定，便即依为柱石，欲靠其铲除国贼。不久便借天降灾异之故，罢免周忠太尉之职，使太仆朱儁接替太尉之职，并使录尚书事。
兴平元年秋，朱儁因日食免职，奉命代理骠骑将军职务，持节镇抚关东。
献帝不动声色，将部分军权交到朱儁手中，又借故山东道路不通，不使其离京出行。
兴平二年二月，朱儁用计挑拨，李傕、郭汜、张济、樊稠之间生隙内斗。
西凉军由是内讧，先是李傕杀死樊稠，郭汜由此自疑。朱儁因知郭妻善妒，又施妙计，通过郭妻离间其夫，使与李傕相互攻杀，长安由此大乱。
李傕天生无赖兼且胆大，竟劫持汉献帝到营。郭汜随即劫持文武百官到营，与李傕对峙。
献帝传命朱儁与太尉杨彪等重臣至营说服郭汜