会州、大宁前中、富峪、蔚州等共三十七卫仓，又设通州卫仓。
巅峰时期，通州仓积储的粮食最多达两千万石，就是嘉靖三十二年，也多达一千三百万石，但是这两年多次大战，官军消耗了大量的粮秣，但是通州仓所储积的粮食也在八百万石左右，按理说通州仓现在存粮是足够调拨出一部分来赈济九边的。
面对朱载坖的疑惑，张居正为朱载坖解惑了，作为徐阶的衣钵传人，徐阁老对张居正可谓是倾囊相授，很多朝廷的密辛都会告诉张居正。
张居正解释道，首先现在通州仓的存粮不到九百万石，而每月通州粮仓支出的粮食在三十万石左右。主要是百官和京营的本色，一般通州仓要留足一年的储备，最少也是四百万石不能动的，这是以防江南受灾，漕运梗阻的。
其次就是蓟镇、九边和入卫官军的行粮、军粮，朝廷不仅要给九边的官府京运折色银，也要运送本色米以接济军用。还有就是一旦俺答再次袭扰京师附近，朝廷必须要召集九边官军勤王入卫，这些入卫的官军也要靠通州仓接济，所以通州仓的储积不能小于六百万石。