而对于眼下的治河问题，朱载坖也提出了自己的一些看法，朱载坖认为治河要注重实地考察、尊重河流天性、因地制宜、统行规划，持之以恒。
现在朝廷的衮衮诸公，都在用奏折互喷罢了，他们真正对治河又有几分了解？治河可不是一天两天就能够解决的问题，大明官场现在的气氛就是急功近利，党同伐异。即便是治河之臣有心认真治河，但是往往只要出一点差错，就被言官弹劾去职，言官们根本不管治河的严峻现实和难度，往往都是风闻言事。
部分人视河工位肥缺，想要上去大捞特捞，导致河工大臣经常难产，朱载坖在奏疏中称：总河之缺，屡推至十人矣，尚未蒙点，中外惶惶。 此一官者，非一人所易为，亦非人所乐为，推而不点，诸臣之幸，非国家之福。
河工繁复，短期难见成效，主事官员频繁更换，极大地影响治河效率，也容易产生互相推诿的现象。也使得朝廷无法真正的判断治河之策是否有效。
而且现在官场的风气就是因循苟且，互相包庇，朱载坖仔细查看了之前治河诸臣的去处，哪怕是出现了决口这样的大篓子，也不过是暂时免职，到时候继续起复，高官得做，骏马得骑，这样怎么能激发这些治河大臣的治河动力。
朱载坖在奏疏中也谈及这个问题了，他奏称：假令一堤之筑也。倏而报坚，倏而报溃； 一渠之浚也，倏而报通，倏而报壅。前者蔽罪于后工之不继，而后者推罪于前工之本虚。欲罪前也，说尽推诿情状，已非见任之官，幸免追论；欲罪后也，又以新任之故得从亮原。尺寸之功必酬，寻丈之罪不究。有赏无罚。河工难矣！
而对于现在的治河，朱载坖也很清楚，自己手上是没有什么人可以去竞争这个位置的，但是朱载坖还是准备推荐一个人给嘉靖，虽然不管是总督漕运和总督河道这样的肥缺不能争取，但是朱载坖瞄准的是另外一个好位置，就是巡河御史。
巡河御史也是巡按御史的一种，属于都察院的外差，巡河御史的职责原是以监察运河日常事务、保障运河正常运转为主，虽然品级不高，但是权力极重，朝廷对于巡河御史的要求就是：凡河道淤浅，闸坝损坏，躬自提督修浚，务俾舟楫顺利，输运无阻，公私两便。
运河关系漕运，现