严加进剿之下，官军终于取得了一些进展，嘉靖三十八年八月，江北海道副使刘景韶以游击丘升等兵击原驻白蒲倭，一战于丁堰，再战于如皋东，三战于海安皆捷共斩首百余级，至是贼大聚其众，谋西犯扬州。
巡抚南直隶都御史都御史谭纶会同总理盐政鄢懋卿、总督河漕朱衡、漕运总兵卢镗，督兵进剿，官家与倭寇在扬州城外大战，从寅时到申时，官家大获全胜，斩首四百七十八级，谭纶统帅官军继续进剿，连续击败倭寇，共斩获千余级，江北倭寇终被肃清。
随后八月底，倭寇谋犯南直隶及浙江，为南直隶总兵戚继光察觉，先于海上截击倭寇，焚毁倭船十余艘，斩获二百余级，倭寇仓皇逃至海盐登陆，转向嘉善，谋犯上海，为戚继光在姚庄追及，官军再次大获全胜，戚继光部阵斩倭寇千余级，将袭扰南直隶和浙江的倭寇歼灭。
杨博随即上疏，请求调戚继光部水师于福建，肃清福建倭寇，嘉靖准允。