分工，但是实际上都是皇帝的秘书机构，两者是对等的关系，但是之前由于嘉靖个人喜好问题和黄锦的谦恭姿态，内阁和司礼监尚算和睦。
嘉靖一向不喜欢内臣，之前司礼监为什么能够和内阁抗衡？主要是由于皇帝的怠惰，之前皇帝把批答这件繁重的工作交给自己的家奴去做，而承担代皇帝批红的，就是司礼监，原则上司礼监太监的批红只能依照内阁阁臣所票拟的照录即可，但是司礼监太监在批红时，往往借此机会改动皇帝的词句，进而影响甚至操纵朝政。
而嘉靖本人极为勤勉，御批奏疏从来都是亲力亲为，司礼监根本无从弄权，相当于变相剥夺了司礼监的批红大权。而且自从壬寅宫变之后，外臣很难得到谒见的机会，夏言、严嵩、徐阶、李春芳、袁炜、严讷等内阁阁臣相继以写青词而得到嘉靖的宠信。
写青词这一点上司礼监宦官们是比不了翰林出身的内阁阁臣们的。因此阁臣得以奉侍嘉靖于西苑，更加便于影响皇帝对朝政的态度， 司礼监的作用就更显微小。
黄锦本人性格也相对仁厚，无论是夏言、严嵩、徐阶都都能够和黄锦和睦相处，内阁和司礼监的矛盾才算是被掩盖起来了。
但是随着嘉靖态度的变化，原本相对平稳的内阁、司礼监关系变得紧张起来。起因是由于公文奏疏的奏进，按照大明的规定，一应奏疏由通政司收取后，首先经由六科的检查，天下臣民呈递给皇帝的政务信息，皆需要经过六科审查，除了密封的奏疏，诸如密疏、密揭等，六科无权审核，六科审查后交司礼监文书房，然后再由文书房先送御揽，然后去除留中的奏疏之后，交内阁拟票。
这也是大明一直行之有效的措施，但是最近由于嘉靖恢复监军内臣和内操，引起了大臣们的强烈不满，他们纷纷上疏嘉靖，要求限制内臣权力，嘉靖也被这些奏疏搞得不胜其烦，于是下令司礼监在接收通政司转送的奏疏时，直接将有关的奏疏扣留，不必送御揽，也不留中，直接退回不受。
这就引起了六科和内阁的强烈不满，审核奏疏乃是六科的权力，既然这些奏疏是由通政司送司礼监的，那就说明它们已经经过了六科的审核，司礼监有什么权力将这些奏疏退回？就算是留中，也是要等嘉靖御揽之后才能决定的事情，断然轮不到司