“刘侍郎，沐将军，升龙城我已经给打下来了。辽东军实在不适应这时的气候，就先行班师了。”朱能见其他各路明军陆陆续续到齐，就急着要带辽东军班师。
刘俊劝道：“朱将军，现在只是大局初定，朱将军和辽东军还是再留些日子吧。”
朱能说道：“安南境内剩下只是些散兵游勇，不足为惧。你们须注意消灭蚊子、预防瘴气，及时收缴火铳，防范陈氏父子。”
刘俊道：“我看陈氏父子对进攻胡伪政权十分上心，对我朝也是颇为恭敬啊。”
朱能说道：“陈氏父子暗地招兵买马，恐怕有异心。”
刘俊问道：“那现在该如何是好？”
朱能说道：“你先进一步观察观察，善后之事听朝廷的。我给你还留了一营辽东步兵和部分海军舰只，配合你们震慑安南。”
当天，朱能就带领辽东军主力急匆匆地班师，只给安远侯柳升留下一营勉强完好的步兵和三艘战舰，配合刘侍郎和刘参政善后。但是被留下来的“广宁号”破损严重，还不能出远门，几乎失去作战能力。
北返途中，朱能病情日益恶化，开始发起了高烧。
随舰的李济等军医轮流尝试用鸡素子、艾叶水等古方对朱能进行诊治，毫无效果。
“辽王爷，我的好兄弟，真是对不住了……”
朱能心情越来越差，清醒的时候也学当年收钱在伊犁的故事，给辽王写了份遗嘱，表达了后悔和歉意。
不过写好之后，他又觉得这些后悔和道歉很多余，很可笑，最后将之撕碎，扔到了海里。
十一月十二日，朱能一行抵达东海舰队驻地澎湖妈宫港进行休整，顺便请浙江水师对船只进行应急维修，主要是修补破损的船帆。
朱能听说到了澎湖，强提精神让千户马欢扶着他登上了妈宫岛，闲聊了一阵。
“马千户，你觉得此次南征是否算是胜利？”
“那是当然，辽东军所向披靡，前后斩俘十六万多人。如果不是这该死的台风和瘴气，我辽东军一人一船也不会折损，那些俘虏都拉回辽东各地开矿、种田去。将军放心，回去等着恢复侯爵就是了，说不定皇上一高兴，要晋封你为国公哩！”