底峡谷是河流切割而成 。
海洋爷爷说，河流注入海洋后， 由于较轻的河水 浮于海水之上， 故海底峡谷不可能是现代河流刻蚀出来的， 但地质时期河流切割形成的陆上峡谷 ，随着地壳下沉或海面上升，可能淹没于海下成为海底峡谷 。
王可博士说，地中海地区科西嘉岛的海底峡谷 ，它与相邻陆上河谷的坡度连续一致，可认为其本是受淹的河谷 。但有些海底峡谷处于海面以下一二千米甚至更深处 ，而海平面抬升的幅度不可能如此之大， 并且海底峡谷又广泛见于构造上升地区 ，故河谷被淹没在海下这种形成方式，不会是海底峡谷的普遍成因。
刘傻子教授说，另一种原因，由于浊流侵蚀作用而形成 。1936 年 ，ra戴利首先提出，海底峡谷是浊流侵蚀作用的结果 。尽管多年来并未在峡谷中直接测到高速的浊流 ，但大量的间接证据 ，如峡谷顶部陡峭乃至倒悬的谷壁 、谷底的波痕和流痕 、不时向下游移动的砂砾 、具粒级递变层理的谷底沉积岩心 、峡谷口外发育巨大的海底扇、谷底及海底扇中有砂、 浅水生物和陆上植物的碎屑等均表明峡谷中必定有较强的流体通过。