二十六年（1186年），寺遭两次大火，烧毁大半，分别由住持道珍、元钊主持修复。金末，寺院再度毁于兵火。元太宗窝阔台十年（1238年），元太宗赐玄中寺为“龙山护国永宁十方大玄中禅寺”，此后便统称“玄中寺”。在元朝政府的大力扶持下，玄中寺达到了极盛。
明清时期：明朝永乐、嘉靖和清朝乾隆、嘉庆年间，玄中寺随封建王朝兴盛而兴盛，寺庙多次得到重修和扩建。清朝同治、光绪年间，随着清王朝的没落，玄中寺也沦为废墟，僧众四散，文物流失。
近现代：民国时期，玄中寺因战火已基本成为废墟。新中国成立后，在大长老的直接关怀下，国家从1955年先后六次拨款对玄中寺进行了大规模修建。1983年，玄中寺被国务院列为汉族地区佛教全国重点寺院。2012年，被国家旅游局评为aaaa级旅游景区。2013年3月5日，被中华人民共和国国务院公布为第七批全国重点文物保护单位。
三、建筑布局与主要建筑
玄中寺中轴线上由南到北依次分布着天王殿、大雄宝殿、七佛殿和千佛殿等殿堂，从低到高，错落有致，与山势融为一体。
天王殿：建于明代万历三十三年（1605年），为单檐歇山式，面阔三间，屋顶翼角高。正中供皆大欢喜的弥勒佛像，两边为泥塑的四大天王像，威武勇猛。殿内大肚弥勒佛端坐正中，右手挽念珠，袒胸露肚。弥勒佛后有清雍正十二年（1734年）所塑佛教护法神韦驮彩塑。天王殿两侧为钟、鼓楼。
大雄宝殿：是玄中寺的主体建筑，面阔五间，单檐歇山式，绿琉璃瓦剪边，前有廊，殿钟悬挂左侧。正中供奉着阿弥陀佛木刻立像，佛像上方高悬“雪峰连相”横匾。大殿四周悬挂着十六罗汉画像，为国家珍贵文物。与其他寺院的大雄宝殿不同，玄中寺的大雄宝殿独奉阿弥陀佛像。
七佛殿：上悬挂着“西方圣境”门匾，寺内供奉着泥塑镀金的七佛像，均为坐像。这七佛为毗婆尸佛、尸弃佛、毗舍佛、拘楼孙佛、拘那含佛、迦叶佛和释迦牟尼佛。七佛殿两侧建有碑廊，陈列着历代碑刻21通。
千佛殿：是玄中寺的最高点。殿内供牵着600余尊小型坐式佛像，正中供奉着一尊“旃檀佛”，结跏趺坐于金色莲