己无法接近大顺军的主力战船，又已经被大顺军的中小船只靠近，只得放下火油罐，被迫应战。
两军士兵互相登船砍杀了起来。
施琅命令士兵调整方向，几次尝试让火船接近大顺军的主力战船均告失败。
他见自己火攻的计策已经无法实施，并且郑成功水军的人数众多，士兵和主力战船都抵挡不过，他决定先将部队退回到金门岸边，利用岸边炮台的优势再同大顺军战斗。
正在施琅和郑成功大军混战时，高一功率领部分水军战船抵达了金门西岸。
金门西岸水浅，岸边都是一些礁石和泥沙，远处是一些低矮的树木。
满清守卫将炮台掩藏在了树木中，士兵也都埋伏在炮台左右。
岸边守卫的满清士兵看到大顺军战船的身影后立刻命令炮台射击，驱赶大顺水军战船。
由于大顺主力战船无法靠岸，高一功命令二十艘主力战船在海面上一字排开，轰击岸上的守兵。
他同时下令一百八十艘小型船只载着士兵，冲向岸边登岸。
大顺士兵驾驶小船，快速冲到岸边，在浅水区，士兵全部弃船登岸。
岸上的满清士兵见状不好，全部从隐藏处杀了出来。
负责守卫西岸的福建水师将领立即派人将大顺军的进攻西岸的消息通知了总督施琅。
施琅好不容易将战船撤回到料罗湾岸边，想要重新组织进攻，可没想到突然收到了大顺军分兵进攻西岸的消息。