还设了不少其他的特殊部门。
武道神殿，专门为神朝培养强大武者，洪荒神朝的将军统帅，大都是出自武道神殿。
翰林书院，神朝第一书院，天下儒生的聚集地，在这里学习大儒之术，为皇权治理天下，别以为儒生都是手无缚鸡之力，强大的儒生，被尊为大儒，可一言引来九天雷电，可口吐一片战争诗词，诛杀百万妖魔。
天命司，这是一个极为特殊的部门，专修天道、命道，观望星象，引导帝国气运，万古长盛，掌管天命司的大司命，据说能够窥伺上苍天道，十分神秘恐怖。
摘星楼，则是一群炼金术师聚集的地方，洪荒神朝的炼金术师，包括了炼丹师，炼器师，阵法师，傀儡师，风水师，甚至是还有神魔莫测的灵魂师，专门搞各种奇异的研究，为洪荒神朝发明研究出来各种强大的战争机器，惠民工具，还有威能恐怖的禁忌法宝，最为神秘。
除此之外，还有诸如大理寺这种主持律法的佛门之地等等。
当然，要说到最为神秘的神朝部门，所有人都会不约而同说出一个称号——守夜人。
神朝守夜人，是一个特殊无比的部门，都是由最精锐和最具潜力的武者组成。
守夜人，不属于六部，也不属于任何权力机构，直属帝王本尊，直达天听，相当于帝王手中的一柄剑，监管天下，更有监管神朝百官的职能，有着先斩后奏的权利。