侯玄升任散骑常侍、中护军。
夏侯玄在中护军任上，选用的武官将卒，都是一时俊杰，后来大多官位显达，“牧州典郡”。《魏晋世语》称他选拔人才的标准、方式，成为了后继者的楷模。
太傅司马懿曾经与他谈及时事，夏侯玄提出了“限制中正官权力”、“除重官”、“改服制”等政治制度，被司马懿赞同，然而司马懿却以时机不成熟、缺乏贤才去具体实施为由没有施行他的建议，这一点受到了夏侯玄的责备。后任征西将军、假节，都督雍州、凉州军事。
正始五年，夏侯玄与曹爽一起策划骆谷之役。
征发六、七万兵卒，自骆谷入蜀，但粮饷难以供应，耗费大量人力物资，司马懿举昔日汉中之战的结果为例，认为蜀汉已据险以待，如若再不撤退，恐将全军覆没。
夏侯玄害怕，于是劝说曹爽撤军，大将军参军杨伟也力劝班师。
曹爽这才下令撤退，途中遭蜀汉重臣费祎截击，险些被困。
此役“所发牛马运转者，死失略尽，羌、胡怨叹，而关右悉虚耗矣”，为时人所嘲笑，因为夏侯氏在大魏朝堂根基深厚，即便是吃了这么大的一个败仗也丝毫影响不大夏侯玄继续身居高位，位高权重。