紧接着，明军就在土木堡被瓦剌彻底击溃，随行的文官武将都战死沙场。有一位将军在战死之前奋力杀掉了祸首王振，然而为时已晚，皇帝朱祁镇被俘虏，最精锐的三大营也全军覆没。
消息传回bj，朝廷震动。在如此紧要关头，孙太后还想着保住儿子的皇位，下旨立朱祁镇3岁的儿子朱见深为皇太子。于谦等大臣极力要求应该让朱祁镇的弟弟朱祁钰登基，以应对国难。孙太后最终同意让朱祁钰登基，遥尊朱祁镇为太上皇，而皇太子仍为朱见深。
此时的瓦剌首领也先挟持朱祁镇向bj而来，一路上企图利用朱祁镇叫开明军的城门。没想到朱祁钰早有准备，勒令各地守将不准给太上皇开门。朱祁钰任命于谦重新整编军备，加固城池，动员城中军民备战，在也先到来之前做好了充足准备。
也先原本得意洋洋地以为明军已经不堪一击，没想到他到了北京城下后，仅靠3万人根本攻不破bj任何一座城门，不到一个月就仓皇逃走。bj保卫战的胜利让于谦名留青史，也让朱祁钰声望达到顶点。
然而，没等到朱祁钰高兴多久，朝中就开始有人建议早日迎回太上皇。朱祁钰表面不说，可心里并不想让朱祁镇回来。
经过于谦劝说，朱祁钰才不情不愿地派使者与瓦剌谈判。公元1450年，太上皇朱祁镇从瓦剌归来。距离土木堡之变已过了一年之久，北京紫禁城已经换了主人。
朱祁镇一回来就被软禁在南宫里面，禁止任何人前去探望。虽然史书上说朱祁钰对大哥非常不待见，处处刁难，但朱祁镇在南宫的生活却远没有史书形容的那般困窘。根据史料统计，朱祁镇在南宫的青年时期生了三个儿子、三个女儿，而且都得到了妥善的照顾。
在婴儿夭折率极高的古代，这六个孩子全都长大成人。从这方面来看，朱祁钰在物质待遇上并没有苛待太上皇。然而，从高高在上的皇帝变成一个有名无实的太上皇，这对于朱祁镇来说还是一个不小的打击，这也为日后朱祁镇对朱祁钰一家的报复埋下了伏笔。
1452年，朱祁钰不顾群臣反对，强行将朱祁镇的长子朱见深从太子废为王，改立自己唯一的儿子朱见济为皇太子，还废了自己的原配汪皇后，改立太子生母唐贵妃为皇后。
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