应朱儁，朱儁这才联合七郡之兵讨伐叛军，很快变打败叛军，平定交州。
朱儁因此功被封都亭侯，让朱儁从遥远的交州来到朝廷，进封朱儁为谏议大夫，以便朝廷随时启用，后来以张角为首的黄巾起义爆发，朱儁临危受命，被任命为右中郎将、持节。胜败兵家事不期，朱儁也不能百战百胜，在他和波才的战争中，朱儁居然被波才打败了，当然只是小败，而且先败后胜，朱儁之前只是轻敌而已，而且本来就兵力不足才失利的，后来还是联合皇甫嵩、曹操大破波才，斩首数万人。朱儁和皇甫嵩一起，乘胜追击，讨伐汝南，陈国的黄巾军，追杀波才到阳翟，攻击彭脱到西华，大破黄巾军，平定三郡。
李傕、郭汜掌权，徐州太守陶谦推举朱儁为太师，并邀请各州牧，刺使，太守，豪杰一起讨伐李傕，奉迎天子。可是李傕、郭汜听从贾诩的计谋，派人用天子诏书征召朱儁入朝，一边是成为讨伐李傕、郭汜的联盟长，一边是接受“挟天子以令诸侯”的李傕、郭汜的征召，朱儁陷入两难。尽管将士们都认为应该联合陶谦，讨伐挟持天子的逆贼李傕，但朱儁依然认为，尽管李傕是“挟天子以令诸侯”，但是依旧代表东汉朝廷，而陶谦才是逆贼，何况李傕郭汜没什么谋略，不足为惧，只要先接近他们在乘其不备，一定可以成功，于是选择接受朝廷任命。后来，郭汜与李傕交恶，相互攻杀，李傕劫持献帝，献帝只好命朱儁等人去说服郭汜，让他与李傕和解，可是郭汜却扣留朱儁作为人质，朱儁宁死不屈，愤怒而死。