彧留守鄄城。程昱性格刚戾，甚至因此“与人多迕”，这注定了他的谋略处处彰显出一种阳刚的魄力和外放的张力，如果说郭嘉的谋略特点是“险”，那程昱的特点就是“刚”。
程昱最辉煌的时刻在194年，那时张邈等军作叛，迎吕布入兖，四周郡县响应，唯有鄄城、范县、东阿不动。有吕布军的降兵，说陈宫欲带兵取东阿，又使泛嶷取范县，吏民皆十分恐惧。荀彧对程昱说：“如今兖州作反，唯有此三城得以保全。陈宫等以重兵临城，如果不能同心结力，三城必震动。而您是吏民之望，如今回去向他们游说，一定可以成功！”程昱于是返回东阿，经过范县时游说靳允：“听说吕布执君母弟妻子，孝子诚不可为心！现在天下大乱，群雄并起，必有命世，能够平息天下的人，只有曹公，得主者昌，失主者亡，陈宫他背叛曹公，迎接吕布进城，四周郡县皆响应，似乎有作为，然而观之，吕布何如人！吕布粗暴少亲信，刚直而又无礼，只不过是匹夫之勇罢了，陈宫等人不能相好君主。吕布兵虽然众多，但必将失败，曹公智略不世出，乃上天所授！你定要固守范县，我则守东阿，就可立田单之功，希望你好好考虑。”靳允哭着说道“我不敢怀有二心。”当时泛嶷已在范县，范县县令靳允经程昱鼓励，伏兵刺杀泛嶷。
程昱又遣别骑占住仓亭津，陈宫军不能得渡，程昱至东阿时，东阿令枣祗已经率吏民拒城坚守。又有兖州从事薛悌与程昱协谋，终于守住三城，以待曹操。曹操归还，执程昱之手道：“若非程卿之力，吾无所归矣。”于是表程昱为东平相，屯于范县。
曹操与吕布在濮阳交战，数度失利。又有蝗虫灾害，于是双方引兵暂去，袁绍于是使人游说曹操连和，希望曹操能迁居于邺城。当时曹操眼见兖州新失，军粮又将尽，计议之下正想答应袁绍要求，程昱见事，向曹操言道：“窃闻将军想遣居迁邺，与袁绍连和，有这样的事吗？”曹操说：“是的。”程昱劝谏：“我认为将军您只是一时临事而惧，否则又怎会如此不深思熟虑？袁绍据有燕、赵之地，怀并吞天下之心，可是其智不能济其事。将军自以为能在他底下做事吗？将军您有龙虎之威，可以做韩（信）、彭（越）他们这样臣服于他人的事吗？如今兖州虽残，尚有三城可守。能战之士，不下万人。以将军的神