典校吕壹怀疑实际上为朱据贪取去，便拷问主管兵饷之人，使之死于杖刑之下，朱据哀怜此人无辜受刑，就用质地优良的棺木殓葬他。吕壹又上表说朱据的属官，为朱据隐瞒事情，所以朱据才厚葬其人，孙权多次责问朱据，朱据无法为自己辩明，躺在草垫上等待判罪，几个月后，典军吏刘助发觉事情的真相，报告钱为王遂所得，孙权大为感动而明白事实，说：“朱据尚且被冤枉，何况一般的官员百姓！”于是彻底地追查吕壹的罪责，奖励刘助一百万钱。
太子孙和与鲁王孙霸的两宫之争，而一贯支持太子孙和的丞相陆逊已经亡故，朱据于是与大将军诸葛恪、太常顾谭、会稽太守滕胤、大都督施绩、尚书丁密等继续拥护太子孙和，而丞相步骘、上大将军吕岱、右大司马全琮、左将军吕据、中书令孙弘等则依附鲁王孙霸，阴谋夺嫡废储，两宫之争使得吴国内耗不止，几乎陷入政治危机。
朱据接替已故的步骘继任丞相一职，拥护太子孙和的意志十分坚定，每当谈及此事，其言语都十分的恳切认真，愿意誓死保卫太子孙和的坚决态度，都从脸上表现出来，更多次上书维护太子孙和。最后，孙权决定废除孙和的太子之位，将孙和幽禁起来，另将孙霸赐死，朱据与尚书仆射屈晃，带领众大臣将军以泥涂首，到宫殿外为孙和求情，孙权十分反感，斥责他们无事找事，其后朱据上表进谏，孙权大怒，将无难督陈正、五营督陈象满门诛杀，朱据与屈晃被拖进宫中，杖打了一百下，许多官员都因劝谏而获罪，史载“群司坐谏诛放者十数”。
朱据后来被贬为新都郡丞，还未上任就遭到中书令孙弘进言诬害，当时孙权病重在床，孙弘就自己写诏书赐死朱据，时年五十七岁。