是伯颜的权势太大，不能轻易动手罢了。
这天夜里，顺帝连夜升殿，召集近臣汪家奴、沙刺班及省院大臣先后晋见，草拟诏书，列数伯颜的罪状。诏书拟好已是四更天了，即刻命令中书平章政事只儿瓦歹带着诏书到柳林，宣布贬伯颜为河南行省左丞相。伯颜大感意外，带人来到城下，脱脱说：“皇上说了，只驱逐丞相一人，你们都没事儿。”树倒猢狲散，卫兵们听了这话便一哄而散，伯颜成了孤家寡人，无奈被抓，伯颜事情平定之后，脱脱和他父亲都升了官，他父亲任中书右丞相，脱脱任知枢密院事。不久，脱脱的父亲因病辞去相位，脱脱又升任中书右丞相。
脱脱当了丞相之后，开始大刀阔斧地施行改革，废掉旧政，恢复科举选士法，复行太庙的祭祀，平反以前的冤假错案，召还被伯颜贬掉的宣让、威顺二王，使他们位居旧藩，并恢复了阿鲁图亲王的王位。他还开马禁，减少盐额，蠲免拖欠的赋税，又开经筵，挑选儒臣为皇帝讲经。这些都是利国利民的好事，因此大家都认为脱脱是一名贤相。由于脱脱兢兢业业地工作，每天日理万机，身体越来越不好，他向皇帝递交了辞职申请。这么好的干部要退休，顺帝当然不舍得。可是脱脱决心已下，申请书写了17次，顺帝这才同意了，又封他为郑王，食邑安丰，赏赐巨万，但脱脱都没有接受，就那样两袖清风地离开了相位。
别儿怯不花当上了右丞相，他过去和脱脱的父亲马扎儿台不和，现在刚掌了权，就在顺帝面前说马扎儿台的坏话，顺帝信了谗言，于是下诏把马扎儿台贬到甘肃，脱脱请示皇帝要跟父亲一路同行。后来马扎儿台去世了，顺帝想起脱脱过去为朝廷立的功劳很后悔，重又把他召回了京师，暂任太傅，管理东宫事务。后来朵儿只、太平都被免去丞相的官职，脱脱再次被任命为中书右丞相，赐上等酒器、名马、外衣、玉带。
不久，黄河在白茅堤、金堤决口，方圆数千里的百姓受害，决口5年没能堵住，脱脱决定治理好水患，他对别的大臣说：“皇帝正在为百姓遭受的灾难感到忧虑，我们做大臣的应当为皇上分忧解愁。然而有些事情是挺难办的，就像有的病难治一样。自古以来河患就是难治的疾病，现在我一定要为百姓除去这个疾病。”别人的劝说脱脱都不听，他向皇帝推荐贾鲁为工部