，有人建议方国珍趁这群雄逐鹿的好时机，利用海上的优势，南北出击，一争天下，可方国珍说：“我一直就没有这样的志向。”于是他在自己的一方天地里，生活的倒也无忧，虽然表面上他还是服从于元朝，但是却并不受制于元朝，当元政府威胁到他的利益的时候，他也会进攻，对朱元璋及其其他势力，不冒犯也不被别人冒犯。
后来，局势渐渐明朗，朱元璋称帝，势必是要将方国珍所拥有的地盘给收回的，但是方国珍不听人劝扩大势力，也不听人建议将地盘交给朱元璋，这惹火了朱元璋，率领大军攻打方国珍，后来他守不住了，只好往海上逃。朱元璋也并不是一个善类，他逃到哪里，就追到哪里，一心想要灭了方国珍，还好方国珍手下聪明，写信给朱元璋，将他们两个的关系比喻成父子之情，父打子，子打不过，只能逃了。比喻的恰到好处，这才让朱元璋撤销了灭他之心，方国珍最后授命为广西行省左丞，只享俸禄不上任办差，最后，方国珍死于南京。
方国珍去世后，朱元璋还亲自为他设祭，并且还让大文豪宋濂，给他写了一篇《神道碑铭》，刻在方国珍的墓碑上。