堵塞了选贤任能之路，然劝阻不果，乃托病不出。顺帝强起之，任他为侍御史，这个时期，许有壬不断受到朝中一些大臣的猜忌和谋算，辞归彰德，随后又南游湘汉。至元六年，许有壬被召回中书省，仍任参知政事，升为中书左丞。
翌年，有人建议自大都西山金口引浑河水过京城，达通州，以通漕运，丞相脱脱也积极推行此议，许多大臣认为不可施行，而以许有壬劝阻最力。他条陈其利害说：“浑河之水，湍悍易决，而足以为害，淤浅易塞，而不可行舟，况地势高下，甚有不同，徒劳民费财耳。”但终于未被采纳。先前，其父许熙载在长沙做官时，曾建立义学，兴办教育，许熙载去世后，学生们为纪念他，设立了东冈书院，有人借此对许有壬进行诬陷，他愤而称病辞职。
自仁宗至顺帝，许有壬“历事七朝，垂五十年”，“遇国家大事，无不尽言”，“明辩力诤，不知有死生利害”。许有壬“善笔札，工辞章”，其文章诗词，在元代堪称“巨手”，当时着名文人欧阳玄谓其文章“雄浑闳隽，涌如层澜，迫而求之，则渊靓深实”。
他的着作有《至正集》、《圭塘小稿》等，《至正集》系其一生诗词文章之汇编，许氏逝世前由门生集录编定，身后历经数百年之周折，方得以付梓刊印，凡81卷。《圭塘小稿》为许有壬自辑，后由其弟许有孚重加编次，乃《至正集》“不具录者也”，即《至正集》所未收入的诗文。另有《圭塘欸乃集》，是数人诗作的结集，非许有壬一人之诗集，为许氏与其弟许有孚、子许桢、宾客马煕吟咏唱和之作。