以沫的艰难岁月，把她比作唐朝李世民的长孙皇后，马皇后回答说，我听说夫妇之间相保容易，君臣之间相处得和谐就比较困难。陛下不忘我过去的一点微劳，使我非常感激，我哪里比得上长孙皇后呢？但愿陛下不要忘了群臣和百姓。
朱元璋为了报答马皇后，便封她的父亲马公为徐王，母郑温为夫人。因为他们没有子嗣，而且兵荒马乱之中也不知他们死于何处，无法找到骸骨，便立了一个衣冠家，并在宿州的新丰里立庙祭祀。朱元璋还想访查马皇后的族人授以官职，被她婉辞谢绝了。她说，朝廷的爵禄如果随便授与外戚，恐怕不合国家的法律。况且我的亲属未必有可用之才，一旦骤加恩宠，骄奢淫逸，不守法度，必然蹈前代外戚恃宠而败的覆辙。陛下如果加恩我的亲属，多赏赐点钱财，使他们能够生活下去就行了。朱元璋听了，很受感动，便收回了成命。明朝一代，后妃不干预朝政，外戚也循规蹈矩，这和马皇后是分不开的。
朱元璋出身寒微，为了防止臣下功高震主，尾大不掉，经常制造冤狱，屠杀成了朱元璋进行政治斗争的方便武器。马皇后不同意这种做法，只要有可能，她总是尽力保护那些惨遭不幸的大臣。朱元璋殿前决事，或者震怒，等他进宫时，马皇后便随机进谏。朱元璋虽然严酷，但见她说得有理，只得采纳她的意见。有人告发参军郭景祥的儿子忤逆不孝，拿着架追赶父亲，朱元璋大怒，表示要抓来杀掉，马皇后认为父子之间可能会有矛盾，但不至于轼父，应当调查一下再说。朱元璋派人调查，果然不符合事实。已经告老致仕的大学士宋镰，因孙子宋慎坐胡惟庸党受到牵连，被捕要处以极刑。宋镰给朱元璋的儿子当过老师，马皇后便为他求情，朱元璋悻悻地说，这件事不是你能过问得了的，请你不要插手。隔了不久，马皇后侍候朱元璋吃饭，当她拿起勺子盛饭的时候，不禁潸然泪下。朱元璋问她掉泪的原因，她说，宋学士服刑，我心里痛苦，因此要替诸儿服心丧。朱元璋也不觉动了感情，投着而起，第二天宣布赦免宋镰死罪，安置茂州。
马皇后贵为一国之母，有条件过锦衣玉食的生活，但她富贵不忘贫贱，仍然过着淡泊的日子。她平常衣不重采，穿的是用丝麻织成的练布，即使破烂也不舍得换一件新的。她曾命宫人取练布织为袅绸，赐给孤苦