封为宣国公。吴改官制，尚左，故李善长由右相国改称左相国，居百官之首。曾与刘基等裁定律令，作为“大总管”李善长被朱元璋称为“在世萧何”，可以说，他为明朝的建立、朱元璋的登基，功不可没。
此时此刻，李善长的身份极其尊贵，既是朱元璋登基典礼的“总导演”，还是是朱元璋的亲家翁。特别是大封功臣时，朱元璋说李善长虽然没有在战场上的军功，但“给军食，功甚大，宜进封大国”，乃授太师、中书左丞相，封韩国公，岁禄四千石，子孙世袭。除了这些，朱元璋更赐给李善长铁券，“免二死，子免一死”，即李善长本人凭此铁券，可以赦免两次死罪，其子可以赦免一次，当时封公的六个人中，李善长名列第一，朱元璋颁发的“嘉奖令”上，李善长被比作汉代的萧何，其风光在洪武功臣中独一无二。
李善长虽然功劳卓着，但他也有性格缺陷，《明史》说他“外宽和，内多忮刻”，即外表宽厚温和，而内心狭窄。参议李饮冰、杨希圣因侵犯了李善长的权力而遭灭顶之灾，李饮冰被割乳身亡，杨希圣遭劓鼻而残，太祖视察汴梁时，李善长亲信、中书省都事李彬犯罪，御史中丞刘基依法判斩，李善长却要求不作深究，刘基请示皇帝后，杀了李彬，李善长十分气愤，上奏诬告刘基专断擅权，还窜掇别的官员奏告刘基，刘基终于被迫告老回乡。
李善长位高权重，是淮西官僚集团的核心人物，在他的力荐下，胡惟庸从宁国知县一步步爬上左丞相的位置，他们当政时，淮西集团在朝中居于统治地位，处处排斥不是淮西派的官员。朱元璋虽靠淮西势力起家，但也要笼络更多的人才为自己服务，他更怕淮西集团势力膨胀威胁皇权，这就造成了朱、李间的矛盾，也埋下了李善长悲剧的伏笔。
胡惟庸为相后，大权在掌，专行横断，明太祖以擅权、植党、枉法等罪状杀了胡惟庸，接着大兴党狱，株连三万多人。虽然没有追究李善长，但对他的怀疑、不满却与日俱增。“反臣”胡惟庸的脑袋早已“搬家”多年，突然有人跑出来，揭发李善长的弟弟李存义父子“实为胡党”，尽管圣恩仍如雨露，说“免死吧”，但对李善长来说显然已危机四伏。
已经77岁的李善长修房子，向信国公汤和借士兵300人干私活，汤和没同意还奏了一