蓝玉有这些过失，便将梁字改为凉，并命人将这些过失刻在世袭的凭证上。蓝玉犹不改过，侍奉皇上酒宴时口出傲语，军中将校升降进退，大权操于他一人，朱元璋多次责备他。蓝玉西征返回后，被封为太子太傅，蓝玉不愿位居宋、颍两公之下，说：“我难道不能做太师吗！”此后上奏言事，朱元璋大多不采纳他的建议，蓝玉越发怏怏不乐。
对于这些，朱元璋看在眼里，记在心里，蓝玉的这些行为，也为后来的蓝玉案埋下了伏笔。蓝玉高傲的举止，让朱元璋忍无可忍，再加上，除掉蓝玉的时机也成熟了，朱元璋便开始动手了。锦衣卫指挥蒋瓛告发蓝玉谋反，下狱审讯后，狱词称同景川侯曹震、鹤寿侯张翼、舳舻侯朱寿、定远侯王弼、东筦伯何荣及吏部尚书詹徽、户部侍郎傅友文等谋反，拟定乘朱元璋藉田时发动叛乱。正在巩固和加强中央集权的朱元璋深感不安，以谋反罪将其逮捕下狱，并被剥皮实草，抄家，灭三族，并株连蔓引，自公侯伯以至文武官员，被杀者约一万五千人。为警诫群臣，朱元璋手诏布告天下，并条例爰书为《逆臣录》，史称“蓝玉案”。
到了明朝末年，农民军攻破四川的蜀王府时，意外的在王府祭堂发现了一古旧的匣子，当农民军小心翼翼的把匣子打开后，却发现里面那有什么宝贝，只不过是件旧皮衣，正当大家对此无比失望的时候，有人却发现这可不是一件普通的旧皮衣，而是一件完整的人皮。由于蓝玉被告发的是谋逆之罪，按当时的律法要凌迟处死，朱元璋念及蓝玉与自己是儿女亲家，特别破例宽大处理陵迟改成剥皮。就这样，刽子手把蓝玉大将军整张人皮剥了下来，算是让蓝玉留了“全尸”。朱元璋再次开恩，将蓝玉的人皮送往他女儿蜀王妃处，以示“留念”。
朱标，是朱元璋的嫡长子，也是明朝未来的继承人，朱元璋对他的培养更是亲自教导，朱标也不负厚望，他虚心学习，待人有礼，脾气温和，为人友爱，可惜天妒英才，朱标年纪轻轻就去世了。而蓝玉与朱标的关系非常好，朱元璋是要让蓝玉来辅助朱标管理国家的，没想到朱标却早早去世了。由于朱标的早世，蓝玉更是留不得，因为，少不更事的皇孙朱允炆，无法控制蓝玉这位老将，再加上，蓝玉自以为是的傲慢，性情又粗略，功高却不懂得低调。
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