炆把三位儒家师傅引为心腹，他们是黄子澄、齐泰和方孝孺，这几位老者对建文帝关于为君之道的概念起了强有力的作用。黄子澄是一个很受人尊敬的儒家学者，在明太祖时代担任过很多官职，现在被建文帝任命为翰林学士，并参与国家政事；齐泰是一位对经书学有大成的学者，特别精于礼和兵法，在洪武帝弥留之际受顾命，以护卫皇太孙和嗣君，被新皇帝任命为兵部尚书，参与国政；方孝孺早在四十来岁的初年，就已经是声名卓着的学者，以文章家和政治思想家闻名，未中过举，在他很晚的岁月才开始进入仕宦生涯，建文帝即位以后被召为翰林侍讲。
这三位儒家学者以各种不同方式影响皇帝，黄子澄和齐泰变成了皇帝的心腹，用儒家的修齐治平理论教育他，他们负责研究一些新政策并付诸实施，目的在改组帝国的行政和加强皇帝的权威。方孝孺发觉他所见到的是个人专制统治的缺点，因此他建议皇帝应该根据古代经典所提出的理想和形式来实行仁政。所有这三个人都勇敢、正直和满怀着理想，但是，他们都是书呆子，缺乏实践意识和从事公共事务的经验，也没有领导才能，他们对于问题的分析往往限于纸上谈兵，不切实际。
朱允炆是明朝的第二代皇帝，但在位仅仅四年，即被他的四叔燕王朱棣用武力推翻，而下台后的建文帝下落，却又成了千古疑案，众说纷坛，主要有：自焚和削发为僧两种说法。
自焚：据永乐年间《实录》和《明史稿》的记载，建文帝继位后，即用兵部尚书齐泰和大常卿黄子澄谋，定策削藩。领兵在外、身为燕王的朱棣立即打着清君侧的旗号，起兵南下，发起“靖难之役”。建文帝眼看大势已去，不得已下令焚宫，顿时火光熊熊，建文帝携皇后马氏，跳入火中自焚，妃嫔侍从等，大都亦随其蹈火而死，燕王朱棣入宫后，清宫三日，搜查建文帝下落。宫内侍人都说建文帝已自焚，并从火堆里扒出一具烧焦的尸体证明之，燕王见到尸体，分不清男女，惨不忍睹，其继位称帝后，只得以天子“礼葬建文皇帝”。
削发为僧说：清代名人吕安世和近人蔡东藩等，认为燕军破城后，建文帝无可奈何，遂想一死了之，此时少监王钺告诉他：你祖父临死时，给你留下一个铁箱子，让我在你大难临头时交给你，我一直把它秘密收藏在奉