杨文被召还京，朝廷“赐马三匹”以示奖赏。
朱元璋病重，这位兢兢业业的开国之君，此时并没有减少对北部边防问题的担忧，为了防止蒙古部落在他死后趁虚而入，他临终前对北部边防作了最后的安排。他发了三道敕谕，一份发给燕王朱棣，一份发给武定侯郭英，另一份就发给了左军都督杨文。他命令“杨文从燕王棣，武定侯郭英从辽王植，备御开平，俱听燕王节制”。朱元璋在敕谕中对杨文说：“今以尔为总兵，往北平参赞燕王，以北平都司、行都司并燕、谷、宁三府护卫选拣精锐马步军士随燕王往开平堤备，一切号令皆出自王，尔奉而行之。”可见朱元璋对杨文十分器重，杨文此时俨然成为燕王朱棣的副手，地位极其显赫。接受命令后，杨文即“部署大宁兵及宁府护军”，前往“开平设防”。
惠帝即位后，采纳齐泰、黄子澄等人的建议实行削藩，为了对付拥有重兵的燕王，惠帝召回了镇守开平的北平总兵杨文，准备授予他新的军事任务。燕王朱棣先发制人，在北平起兵“靖难”，并很快控制了北平城，朝廷任命辽东镇将长兴侯耿炳文为征虏大将军，“自辽东率众二十万援真定”。不久，又命安陆侯吴杰、江阴侯吴高、都督耿等人分道并进，协助征讨。江阴侯吴高乃江阴侯吴良之子，此时接替耿炳文镇守辽东，而杨文则成了他的副手。杨文多次随吴高“出师攻永平”，尽管都被燕军击退，但因辽“为肘腋重地”，“藩屏攸赖”，故杨文等人的行动牵制了燕军的后方，支援了南部明军的行动。
辽东兵的进攻着实让朱棣非常忧虑，他对部下说：“辽东虽隔山海而数扰永平，当思所以靖之。”为了解除后顾之忧，朱棣决定除掉吴高，他认为：“吴高虽怯而行事差密，杨文粗而无谋，去吴高则杨文不足虑矣。”于是朱棣设计离间二人，“朝廷果疑吴高，削其爵徙广西，独命杨文守辽东”，史载，从此辽兵“兵无纪律，人怀疑贰”，战斗力大为削弱。
杨文代吴高镇守辽东以后，继续率辽东兵进攻燕军，杨文两次帅兵围攻永平，都以失败而告终。明廷命令真定、大同、辽东三路出师进军北平，杨文以“万人”再次围攻永平，并“出游兵万余掠蓟州、遵化”等地。由于同其他两路明军缺乏配合，辽兵为燕将刘江大败，被“斩首数千级”，“指挥王