第六件事时停住了，朱瞻基命李时勉全部说出来，李时勉答道：“臣惶惧不能全部记住。”朱瞻基怒意更消除了，说：“这是难为你了，草稿在哪里？”时勉答道：“已经烧了。”朱瞻基为之叹息，称赞李时勉忠诚，马上赦免了李时勉，恢复侍读的官衔，等王指挥从监狱回来，李时勉已经冠带整齐地站立在阶前了。
朱瞻基幸临史馆，把金钱撒到地上赐给学士们，众人都俯身拾取，唯独时勉站着不动，朱瞻基于是把剩下的钱都赐给了李时勉。因《宣宗实录》修成，升为学士，主管院事兼经筵官，取代贝泰任祭酒，请求退休，皇上不批准。
李时勉请改建国子学，明英宗命王振去视察，李时勉接待王振的礼仪不够隆重，王振怀恨在心，便搜集李时勉的短处，竟一无所得。李时勉曾经折断彝伦堂前一棵树的枝条，王振于是说时勉擅自砍伐官木回家，王振拿着圣旨，将李时勉和司业赵琬、掌馔金鉴一起枷在国子监门前。当时官校到来时，李时勉正坐在东堂批阅学生们的试卷，李时勉从容不迫地宣布学生们的成绩，让僚属们定出甲乙等级，放榜公布，这才出来受刑。
当时正当盛暑，枷锁三天不解，国子监学生李贵等一千多人到宫门前请求宽恕时勉。有个叫石大用的，上奏情愿自己代替受刑，学生们围聚在朝廷门口，呼声响彻殿庭。王振听说学生们不平，恐怕激出变故，到通政司将石大用的奏章呈上去后，王振内心有愧。助教李继请求会昌侯孙忠调解，孙忠是皇太后的父亲。孙忠生日那天，太后派人到孙忠家赐给礼物，孙忠便附带奏报太后，太后又为他向明英宗说明了情况。明英宗开始并不知道这件事，这时马上将李时勉释放了。李继为人放荡不羁，李时勉曾经恳切地规劝过李继，但李继不能完全接受，不过李继内心很感激李时勉，所以这时出来帮助了李时勉。朱祁镇视察国子学，李时勉为皇上讲解《尚书》，讲得透彻清楚，皇上很高兴，给了李时勉许多赏赐。李时勉一连上书请求退休，都不批准。
李时勉退休时，朝臣和国子监学生近三千人到都门外为李时勉饯行，有的还一直把李时勉送到船上，等船走后才离开。英宗被俘期间，李时勉日夜都非常悲痛，李时勉派孙子李骥到朝廷上书，请求选将练兵，亲近君子，疏远小人，褒扬忠诚而有气节之士，迎