，恐怕会出大事。皇帝接受徐琦意见，没有让军队家属北迁，避免了一场可能发生的大动荡。全国边远地区设立的军屯卫所没有儒学教育机构，这样边地的官兵子弟失去了享受平等教育的机会，也就失去了通过科举考试谋出路的机会，因此造成边地官兵不安心守卫，边防不得巩固，于是徐琦又向朝廷上书，朝廷批准了他提出的在全国卫所地区，仿照内地州县设立儒学的建议，使全国边疆卫所地方都普遍开办正规学校，这对发展边疆文化，培养边疆建设人才，促进国防巩固都起到了重要的作用。
徐琦病逝于任所，终年六十八岁，明代宗封赠他太保荣衔。后来，安南使臣出使明朝时还常常对明朝官员说：“我们安南的草木，都知道徐琦的名字！”徐琦家乡宁夏镇的官民为徐琦建立了一个牌坊，上面写着“司马”二字，表示纪念。