史。大臣出去镇守或者巡抚，都授予都御史之衔，即从耿九畴开始，有圣旨要买羊角为灯，耿九畴引用宋代苏轼谏阻神宗买浙灯的事，皇上于是作罢。皇上因有灾异而求意见，耿九畴请皇上延揽硕儒，公平赏罚，慎择守令，选拔将帅。皇上优诏答复他。
耿九畴入京师议事，皇上对侍臣说：“耿九畴是廉正之人。”把他留下任右都御史。关在都察院监狱的罪人官家不供给粮食，九畴提出此事，于是每天供给一升，并定为法令。后来，他上书请崇尚廉耻、清理刑狱、劝课农桑、节俭军赏、重视台宪官员的作用五项事情，皇上都嘉许采纳了。
御史张鹏等人弹劾石亨、曹吉祥，石亨等人认为九畴实是主使者，便把他也投进监狱，贬为江西布政使，不久调到四川，皇上问李贤，李贤说：“论老成而清廉，莫如耿九畴。”于是皇上把他召回。耿九畴到后，皇上看耿九畴年老，改为南京刑部尚书。