瑾告诉孙镗，孙镗草拟奏书，叩响东长安门，从门缝将奉书投入内廷，英宗令孙镗父子好生平乱，孙镗才得以招集军队捆住曹吉祥，防守皇城诸门。
此后，孙镗前往太平侯张瑾家，求兵击贼，张瑾不敢派兵，孙镗又仓促赶往宣武门，急派他的两个儿子孙辅、孙軏去叫孙镗所率领的征讨甘肃的军队，骗他们说刑部有囚徒逃狱，抓获者有重赏，于是聚集了二千军队，孙镗告诉他们曹钦造反，率领他们去征讨曹钦。此时已是黎明时分，其子孙軏、孙辅看见东安门火光，率军前去，与曹钦军队交战，孙軏砍中曹钦的胳膊后战死，孙镗调令大炮和兵夹攻曹钦军队，曹钦知道败局已定，便窜回家中，仍率众拼力抗拒孙镗，一直打到午后才将曹钦军队消灭，曹钦投井自杀，
自此，石曹之乱平定，孙镗因立下首功进封为怀宁侯，俸禄一千三百石，仍主管三千营。天顺末年，孙镗因为接受将士贿赂，屡次被弹劾，孙镗心中不安，请求辞官，英宗下令解除他主管营务及府军前卫事务之权，仍命他掌管左府。
宪宗下诏称宦官牛玉矫诏方使吴氏为后，于是废吴皇后，发配牛玉去明孝陵扫地，孙镗因与牛玉是姻亲而受牵连，被停支俸禄，闲住家中，孙镗上书诉说冤屈，宪宗下令供给一半俸禄，后又上书陈述自己的功劳，从而恢复以前一样的俸禄。
孙镗，于京师保卫战中力战也先军队，困住了也先军队的主力，守住了西直门，击退也先后趁胜追击，与也先军队战于涿州深沟，斩获颇多。孙镗随机应变、审时度势，率领征西将士和曹钦叛军激战，以个人之力平定了曹钦之乱，维护了明王朝的统治。