德，并从容地讲述自明代开国以来外戚不掌军务的成规。英宗听后，解释道：“从前内臣说京营军非皇舅掌管不可，为此太后至今还在后悔。”李贤说：“所幸会昌侯为人还算淳厚、谨慎，不过以后不得援此事作为成例。”英宗称善。
锦衣卫指挥使逯杲奏陈孙继宗、孙绍宗及英国公张懋、太平侯张瑾都侵占了官地，建立私庄，英宗命他们各自具实奏报，孙继宗等服罪，这才被宽赦，英宗只将管庄的人一律逮捕问罪，将土地还于官府而已。此前，石亨因事获罪，因“夺门”功受赏者稍稍被裁革，孙继宗因此替孙显宗、武忠及自己的子孙、家人、军伴辞去官职，英宗只夺去他的家人、军伴等九人的职务，其余一概不问。
昭武伯曹钦之乱平定，孙继宗进官太保。次年，他因病奏请解除兵权，并辞去太保之官，英宗不允，并命御医前往诊视。宪宗即位，命孙继宗提督十二团营兼督五军营，并知经筵事，负责监修《英宗实录》，朝廷每有大事商议，一定以孙继宗为首。宪宗重新核实夺门之功，他人爵位多有废黜，唯有孙继宗仍得侯爵，之后，孙继宗请求辞官修养，宪宗不许。
《英宗实录》修成，身为监修官的孙继宗被加授为太傅，兵科给事中章镒上疏认为：“孙继宗久掌兵权，尸位固宠，急应将其罢退，以保全有始有终的名声。”孙继宗闻讯，遂上疏恳求辞官，宪宗这才优诏解除他京营掌军之职，依旧掌后军都督府事并知经筵，参预朝政。孙继宗之后再辞余下官职，宪宗仍是不准，只免其“奏事承旨”之职而已。
孙继宗，在明英宗、宪宗时期，督五军营戎务，兼掌后军都督府事，一度兼督十二团营，为明代少数以外戚得掌兵权者，又主持经筵事，并监修《明英宗实录》，长年位居朝臣之首。