领才能镇服，宪宗于是再派李震兼镇贵州，不久后，李震擒获叛军首领苗虫虾。荆襄流民刘千斤、石和尚等发动民变，李震率军讨伐，屡破叛军，但在乘胜追至梅溪时，却遭遇大败，明军自都指挥以下战死的有三十八人，宪宗下诏严责李震。之后，兵部尚书白圭、抚宁伯朱永等率领大军南征，李震自南漳联兵合击，最终平定了此次叛乱，战后论功，进官右都督。
湖广的武冈、沅靖、铜鼓、五开等苗民蜂起作乱，而贵州各地也屡屡告急，李震声称贵州难以遥制，请求仍专镇湖广。宪宗同意，他于是回师湖广，专心平叛，李震率师自铜鼓、天柱二地分兵四路，屡败苗军，直抵清水江，又请苗民作为向导，深入叛军腹心，在两个月内连破营寨八百座，焚毁庐舍一万三千座，斩获三千三百级，又击破劫掠桂阳的广西瑶民，斩首三千八百余级。与都御史项忠平定荆襄流民李原等，招抚流民九十万人，荆、襄地区被初步平定。
苗军再次侵扰武冈、靖州，扰乱湖广，李震与巡抚刘敷等分五路进军，攻破苗寨六百二十余座，俘斩八千五百余人，俘虏其家属一万余人。朝廷根据李震征“靖州苗”功，封他为兴宁伯，岁禄一千石，同时期因征女真、鞑靼等受封的武靖侯赵辅、宁晋伯刘聚都受人非议，唯独李震战功卓着，无人质疑。
李震贪功好进，喜欢结交权贵，他与参将吴经有矛盾，而吴经之弟吴绶是太监汪直的心腹，李震因此受到吴绶的诬陷。适逢汪直正在处置项忠，左给事中郭镗、监察御史冯贯等在弹劾项忠的奏词中连带提及“与项平日交通”的李震，李震于是被逮捕下狱，宪宗夺去李震的爵位，将他革职，降为左都督，前往南京“闲住”。
不久后，汪直派舍人韦瓒前往贵州缉事，韦瓒潜伏在南京，伪造关文，暗中查得李震结交南京守备太监覃包，私下以财货相贿，并凭借权势侵占官街、役使士兵为自己建造府第等事。覃包查得韦瓒正在搜集不利于己的证据，于是将他逮入南京锦衣卫狱中审问，韦瓒假装服罪，被押送至北京后，通过汪直将覃包、李震的罪行奏报宪宗，宪宗大怒，派汪直前往南京历数覃包之罪，旋即将其贬至孝陵司香，同时勒令李震返回北京“闲住”。
汪直失宠被贬至南京，李震陈情自诉，得以在次年九月恢复爵位，仍