，获赐一处位于北京南薰里的宅第。塞上的肥沃土地全被豪强侵占，商辂请求遣使核实，将其归还给驻军。开封、凤阳各府的饥民流亡到济宁、临清一带，均遭有关官员驱逐，商辂担心激成事变，便请求招集流民开垦京城附近的闲置田地，发放粮种，使得流民都有了归宿，谏官钟同、章纶被投入诏狱，商辂尽力挽救，使其暂时未被处死。
代宗患病，群臣请求重立东宫，代宗不允，将继续上奏时，商辂拿着笔说：“陛下是宣宗章皇帝的儿子，应当立章皇帝的子孙为继承人。”听的人都很感动。因天色已晚，故而这封奏章没有及时上呈，这天夜间，大将石亨等人已经迎接太上皇朱祁镇复辟。次日，代宗时期的重臣王文、于谦被捕，英宗召商辂与高谷进入便殿，以温和语气下诏，令其起草复位的诏书。
石亨偷偷告诉商辂，宽赦的文字不要写入另外的条款，商辂说：“这是制度，不敢改变。”石亨等人不高兴，婉言让言官弹劾商辂勾结奸党，将其下狱。商辂上书申诉说《复储疏》在礼部中，可以复核，但英宗不做理会。中官兴安略微为商辂开脱，英宗反倒更加恼怒，兴安说：“从前这些人若是创议南迁，不知将置陛下于何地。”英宗这才逐渐想开，最终仅贬斥商辂为平民，然而英宗每每还念叨：“商辂，是朕选取的士人，曾经与姚夔在东宫侍读。”不忍抛弃他，因为受到他人的忌恨，故而终英宗天顺一朝，商辂最终没再被获任用。
商辂被召至京城，命他以原来的官职进入内阁，商辂上奏推辞，皇帝说：“先帝已知你是冤枉的，就不要推辞了。”商辂首先陈述勤奋学习、采纳谏议、储备将领、防守边疆、减省多余官员、设置义仓、尊崇先圣名号、广泛制定士法，共八件事。皇帝赞许并采纳了，他所说的采纳谏议，是请求召回复用元年以后因进言而被贬斥的人，于是罗伦、孔公恂等全部恢复了官职。
彗星出现，给事中董旻、御史胡深等人弹劾不称职的大臣，都涉及商辂，御史林诚攻击商辂曾经参与更换太子，不适宜任用，皇帝不听，商辂因此请求辞职。皇帝愤怒，命令在朝廷查问那些进言的人，想给以严厉谴责，商辂说：“臣曾经请求优待宽容进言的人，现在议论到臣反而责备他们，对公众舆论又怎么解释呢。”皇帝非常高兴，董旻等各赐予手杖恢