退去，群臣叩头拒命，声言：“不得到钱太后合葬的旨意，绝不敢退下。”自巳时跪至申时，宪宗与周太后无可奈何，这才听从了彭时等人的建议。
彗星出现于三台，彭时等人说：“外廷大政固然应当先处理，宫中根本尤为至急。谚语说‘子出多母’。现在嫔嫱众多，却没有怀孕的先兆。这一定是陛下爱有所专，而专宠的人已过了生育年龄的缘故。望陛下均恩爱，为宗社着想。”当时宪宗专宠万贵妃，而贵妃年已近四十，所以彭时这么说，他又说：“大臣黜退，应该由陛下决定，或者集中群臣商议，不可都交给臣下，使大权旁落。”宪宗虽不能听从，但心中称赞他的忠诚。
西北土官满四率众起事，自署“招贤王”，数月即聚众数万，关中震动。都御史项忠奉命讨伐满四，项忠初战不利，朝廷建议命抚宁侯朱永率京军前往，朱永故意为难，提出许多要求。彭时讨厌他胃口张得太大，并推测军队可不用出发，便令整装以待。正好项忠飞报朝廷，说已把贼人围在石城，宪宗派宦官怀恩、黄赐与兵部尚书白圭、程信等人到内阁讨论，彭时说：“贼人四出攻掠，锋芒诚然不可阻挡。现在他们入石城自保，我军包围得很坚固，他们不过是困兽，很容易擒获。”程信说：“怎么知道项忠不会退兵？”彭时说：“他已部署妥当，为什么自退？如果现在出兵，估计什么时候到？”程信说：“来年春天。”彭时说：“这样的话，更加缓慢了，不顶事。事情的成败，就在十二月决定了。”程信恼怒，恐吓道：“项忠如果失败了，一定要杀一两个人，然后出兵。”众人都很担心，问彭时有什么见解。彭时说：“看项忠奏疏中曲折，知道他很能干。如果他听说另派禁军去，则可能会退避不敢负责，这样贼人就难说了。”当时只有商辂赞同他的话。到同年冬，叛乱果然被讨平，众人这才信服，旋即改任为吏部尚书。
彭时因患病请假，过了三个月，宪宗催他到内阁办事，免予朝参。彭时上疏说：“光禄寺采办，各个城门抽税，都严重搜刮，而献上珍珠宝石的人，又加倍估算它的价值，掠取国库财物。请革除这些弊端，以惠小民。”宪宗优诏褒奖他，并采纳了他的建议。畿辅地区以及山东、河南干旱，彭时请免除夏税和盐钞，以及太仆寺索赔损失的官马，京师米贵，请发出仓库储米五十万