人口贫富，分为九等，使百姓得到好处。
何乔新被提升为都察院右副御史，巡抚山西，边地军民总是出塞伐木捕兽，他说：“这些人一旦遇到敌人，必定泄露边防情况以求生都是敌贼的向导。应该不许擅自出塞，有违犯的罪及守将。”宪宗下诏同意。敌人侵犯边塞，何乔新同参将支玉在灰沟营设埋伏，击斩大量敌人，升左副都御史。
何乔新奏免杂税以及户口盐税的十分之四，他弹劾佥事尚敬、刘源拖延调查审判，请求皇帝命令天下审判官员，案件拖延半年以上的要论官员之罪，宪宗称好，立即下诏，召何乔新任刑部右侍郎。山西发生严重饥荒，出现人吃人的惨剧，何乔新受命前去赈济，求活三十万多人，安置十四万户流离失所的人家。回朝，正逢发生安宁宣抚使杨友想夺嫡弟播州宣慰使杨爱的爵位，而诬告杨爱有异谋的事件，何乔新前去调查，与巡抚刘璋一起洗清杨爱的冤屈，杨友被削官安置他府，播州人于是相安无事。
孝宗即位，万安、刘吉等憎恨乔新刚直正派，将其调到南京任刑部尚书。沿江的芦洲全被宦官侵占，假托给皇帝备办进用之费，何乔新被调离朝廷，宦官怀恩觉得这事不公平。一天因事到内阁中说“：新君登位，应当任用正直的人，为什么调走何公？”万安等无话可说。不久刑部尚书杜铭被罢免，众人都认为应由何乔新代替，而刘吉代替万安任首辅，始终憎恨何乔新，许久不以他补任刑部尚书。
改年号为弘治后，采用王恕的举荐，才召何乔新代替杜铭，何乔新奏道：“旧制，派遣官员调查案情，以及实行逮捕，必须携带详细批文，到所在官府验察后才执行。近来只用一般传帖而不合符契。应该恢复旧制，以防矫诈。”孝宗立即批准了。这时刘吉仇视正直人士，频繁制造大案件，何乔新一律依据法律纠正，刘吉愈加仇恨他，几次寻找借口削去何乔新俸禄。
京城大水，何乔新请求抚恤受灾人家，又考虑到刑法失平，奏陈律文当变更的几件事，刘吉一概加以阻拦而不实行。大理丞官职缺人，御史邹鲁图谋升迁此官，而何乔新推荐郎中魏绅。时逢何乔新舅家与乡人打官司，邹鲁即诬告何乔新接受贿赂包庇舅家人。刘吉从宫中取旨将其舅家人下诏狱，何乔新于是上疏要求返乡。不久，追根究底终归拿不出证据，邹