、广西、四川兵五万，会同贵州兵一起围剿。余子俊说叛军在四川，而贵州请求征讨，是为邀功，上奏章止息这件事。
当初，余子俊疏论大臣陈钺击杀进贡的夷人之罪，宪宗由于太监汪直的缘故宽恕陈钺。陈钺在汪直面前多方陷害余子俊，时逢余子俊因母亲去世回家守丧，才免遭陷害。三年服丧期满后，宪宗授余子俊户部尚书，不久加封太子太保，兼任左副都御史，总督大同、宣府的军务。
当初，余子俊巡视宣府、大同两镇，要求以延绥边墙法在两镇推行，因年成歉收而停止。到这次余子俊又巡视边境，余子俊坚决要推行，余子俊说东起四海治，西抵黄河，连绵一千三百余里，旧有墩一百七十个，应增建四百四十个，墩高宽都是三丈，估计需要劳动人手八万六千人，几个月可以完成。宪宗下诏书同意第二年四月开工，然而到了那个时候，年成不好，国家和百姓都不宽裕，陡然兴建大工程，上下都感到困难，余子俊又想责成边臣去完成，而自己不亲自管这件事，由此招来毁谤和议论。
到冬天，余子俊上疏请求还京，宪宗听信谣言，改任余子俊为左都御史、抚巡大同。宦官韦敬进谗言说余子俊借修边墙侵吞财物，又弹劾他以私怨更换将帅。兵部侍郎阮勤等为余子俊辩白，宪宗发怒，责备阮勤等。而给事中、御史又纷纷呈上奏章弹劾，宦官大多想陷害余子俊。工部侍郎杜谦等前往调查，按实事情况公平地对待，返京向朝廷奏报换置将帅同阮勤说的情况相符，没有侵吞建边墙的费用。然而花费银一百五十万两、米豆二百三十万石。耗费财物，劳动百姓，不能说没有罪，宪宗削去余子俊的太子太保职，命其致仕归家。
兵部尚书空缺，宪宗发觉余子俊无罪，于是起复他为兵部尚书，仍加太子太保。孝宗继位，因余子俊是先朝老臣，对他愈加尊敬。余子俊上疏陈述十事，之后又陈述边防七事，孝宗大多同意实行。
余子俊病重，仍亲自撰写奏稿，陈述救荒息盗的办法，刚刚得到朝廷的允准，他便在任上逝世，享年六十一岁，孝宗为其辍朝一日，追赠特进光禄大夫、太保，谥号“肃敏”，授予他的一个孙子官职。