嘉兴的太监，杨继宗送给他们的只是菱角、芡实之类和历书。太监们索要钱财，杨继宗当即发出公碟去领取库中金银，并说：“钱都在，请给我立下印券。”太监吓得咋舌不敢接受。杨继宗进京人觐，汪直想要见他，他却不肯，宪宗问汪直：“朝觐官中谁廉洁？”汪直回签说：“天下不爱钱的，只有杨继宗一个人。”
九年任满，杨继宗被破格升迁为浙江按察使，他多次冒犯太监张庆，张庆哥哥张敏在司礼监，经常在宪宗面前诋毁杨继宗。宪宗说道：“你说的不就是那个不要一个钱的杨继宗吗？”张敏惶恐不安，写信给张庆说：“好好对待杨继宗，皇上已经知道他这个人了。”得知母亲去世的消息，杨继宗立即离任出行，来到骚亭下，将官署中的器物全部清理交付给官府，只带着一个仆从、几卷书而还。
守丧结束后，杨继宗以右佥都御史巡抚顺天府，京畿之内有多处权贵的庄田，凡有权贵侵占百姓产业的，就立即夺还给百姓，他还巡查关塞，武备得到很大整饬。遇到星辰变异，杨继宗应诏上疏陈言，历数指斥太监和文武诸臣们贪赃残虐之状，并且请求召回出镇的太监，因此更加被权贵们所嫉恨。治中陈翼奸告他的过失，权贵们趁机中伤他，他因此被降职为云南副使。
孝宗即位后，杨继宗改任湖广按察使，到任后他让人打来上百斛水，把厅衙冲洗一番，然后再处理事务，他说：“我用来清除污秽。”在任不久，又以佥都御史巡抚云南。云南都指挥使司、布政使司、按察使司有许多旧日同僚，相见十分高兴，见面后他离开座位向僚友揖礼说道：“明天要办公事，望诸君能给予谅解。”于是弹劾罢免不称职的八人。
杨继宗极力维持风纪节操，但心肠慈厚，自己处事必定依礼而行，任知府时，谒见上司一定身着朝服，入京朝觐谒见吏部时也是如此。有人说不用这样，杨继宗笑道：“这是朝廷的法服，这时不穿，将什么时候穿用呢？”他任浙江按察使的时候，有管仓库官吏的十余人因缺少库粮被关在狱中，以至于卖掉子女赔偿，杨继宗想从宽处理他们，却没有理由。
有一天，送来他的月俸银，他让人称量一下，就发现超出了原数，再量别的官吏俸银，也都如此，因此悟出了仓吏缺粮的原因，他准备具实上报，众人恐惶不安，请求杨