子俊得以全力修建连绵一千七百七十里的“橐驼城”，鞑靼才再次举众进入河套住牧。
朝廷商议设总制府于固原，举定西侯蒋琬为总兵官，王越提督军务，控制延绥、宁夏、甘肃三边，总兵、巡抚均听从其节制。后下诏罢免蒋琬，以王越代任，至此三边设总制，朝廷后论功，加封王越为太子少保。当时纪功郎中张谨、兵科给事中郭镗等弹劾其滥杀冒功，王越正认为功大赏薄，听闻此言后更加怏怏不乐，于是称病还朝。
越与左都御史李宾同掌都察院事，兼督十二团营。太监汪直掌管西厂用事，与王越结交。王越在朝廷上遇到反对汪直的大学士刘吉、刘珝，称：“汪直行事也颇为公正。像黄赐专权受贿，不是汪直不能将他除去。商辂、万安居官已久，对事理对错多有忌惮。刘吉、刘珝入阁才几日，怎么也做这种事？”刘吉则答道：“我们这些人所说的，不是为了自身谋利。假使汪直行事都很公正，那朝廷设置公卿大夫又有什么用？”王越不作回答。
兵部尚书项忠被罢免，王越应当升迁，但朝廷却将此职授予陕西巡抚余子俊，王越感到不平，请解营务，宪宗优诏不许。他又通过御史自陈屡次的战功，被原兵部尚书白圭压下。余子俊亦称王越赏不酬功，“红盐池之战，从前所无”，宪宗于是进王越为兵部尚书，仍掌都察院事，加太子太保。
据延绥镇守太监张选报，鞑靼亦思马因将犯边，宪宗命朱永为平虏将军、总兵官，由汪直监军，王越提督军务，前往讨亦思马因。明军出大同，王越说服汪直奏请朱永率大军从南路走，自己与汪直沿边境往榆林，后侦知鞑靼已西迁至威宁海子，尽调京营及大同、宣府两镇精兵两万一千人出孤店关，昼伏夜行二十七日至猫儿庄。时天降大风雪，王越、汪直率精骑连夜奔袭至威宁海，至次日黎明时鞑靼犹未发觉，明军纵兵掩杀，获大胜。达延汗巴图蒙克小王子仅以身逃，其妻满都海或于此时战死。此役，明军生擒幼男妇女一百七十余一人，斩首四百三十七级，获旗纛十二面，马、驼、牛、羊共六千余只，盔甲、弓箭、皮袄等一万余件。
宪宗论功行赏，升王越之子、百户王时为正千户，下诏封王越为威宁伯。王越受封伯爵后，本不该再兼领都察院职务，但王越不愿就列西班。御史许进等人称颂王越的