未减损。在王越获罪时，朝臣中有不少人认为对他的处分过重，但终究无人为他陈情。
孝宗朱佑樘刚刚即位，王越再次上疏诉冤，得以获赦回乡，因王越多次讼冤，孝宗诏恢复王越都察院左都御史之衔，命其致仕，并复授其子王春、王时分别为正千户、百户。因吏科都给事中季源等反对，孝宗不得不收回成命，土鲁番攻哈密，鞑靼达延汗攻掠大同、宣府，边境告急，监察御史杨逊、户部办事进士马文盛等均上疏举荐王越。
小王子屡次扰边，陕西三边大扰，廷议复设总制官，先后会举七人，均未合孝宗心意。吏部尚书屠滽想要举荐王越，对马文升说：“此重任必须要用这类人来担当。”遂将王越列名上书，孝宗准允，便复王越原职，加封太子太保，总制甘、凉边务，兼巡抚。王越称甘肃镇兵弱，不用延绥、宁夏两镇兵难以克敌，后请兼制延绥、宁夏两镇，并解此前所兼巡抚职。
孝宗敕谕王越，命其速攻贺兰山，以防止鞑靼长期占据此地，侵扰边关，招引其余部族寇边。王越分三路进兵，直捣贺兰山：命延绥副总兵、都指挥同知朱瑾领兵二千出南路；宁夏镇守太监张僴及总兵官、都督同知李俊领兵二千出中路；副总兵、都指挥使张安及监枪右监丞郝善领兵二千出北路。王越居中总制，另命张安、郝善部分为二哨。北、南二哨分别于花果园、蒲草沟击败鞑靼军，斩首二十级。
二哨合兵追击至大把都，鞑靼军分为三部突击，试图冲散明军。明军下马以枪铳回击，鞑靼军稍稍退却，明军乘势急击，斩首十级。日晡时分，张安收兵返回，并在路旁设伏，鞑靼军来袭，遭遇伏兵，被迫撤退。郝善率军拦截鞑靼军退路，又追斩首级八级。其后再追至柳沟，斩首三级，鞑靼军向西败逃，明军才回到宁夏城，此役，明军共斩首四十二级，俘获马、骆驼两百四十一只、牛羊及器仗数千。孝宗获悉捷报后，进王越为少保兼太子太傅，其余兼任如旧。
因土鲁番速檀马哈木上书谢罪并归还先前被掳的哈密忠顺王陕巴，孝宗乃以王越总制甘、凉等处边务，负责经略哈密。王越针对土鲁番击破哈密的形势，奏议道：“哈密不可放弃，陕巴也不能放弃，应该恢复其旧封，让他先返回哈密，斟酌赐予哈密一些修城建房的费用，赏赐三种番人及赤斤、罕东、小