以前的所作所为，重新远佞臣而重用刘大夏、戴珊等贤臣，大力整顿朝纲，可是过大的工作强度也彻底拖垮了他的身体。
孝宗非常仁慈，在明代皇帝中堪称之最，对于救荒的工作非常重视，要求各级官府都要设立常平仓，以应付灾荒；在刑罚方面，他要求慎重施刑，在他的这种要求下，一些素以残酷闻名的特务机构如锦衣卫都变得仁慈起来；在文化上，则出现了李东阳的茶陵诗派、邱濬的理学，号称‘太平盛世’；在政治上，他铲除奸佞，重用贤良，待臣宽厚，严管宦官，废除苛法；在经济上，轻徭薄赋，兴修水利，力求节俭；在军事上，他维护统一，爱护武将，和平政策。虽然朱佑樘一生无大作为，但是却很稳定，不胡来，比较勤政，尊敬大臣，做了很多为民的善政。
幼年失母，对于孝宗影响深远，也许孝宗后来的善良、温和、宽容，除了儒家的教育之外，还源于幼年时弱者的心态。孝宗在处理万贵妃一事上，最能体现他的宽容，尽管传说母亲纪氏是被万贵妃害死的，但是当他即位后，一位官员上疏要求惩办已死的万贵妃及其族人的时候，孝宗认为这样的做法，是违背先帝的意愿，不愿接受。作为一个皇帝，他这一辈子没有享过什么福，却遭了很多罪，受过无数恶毒的伤害，但最终却又选择了无私的宽恕，这就是明君的胸怀与气度。
在生活上也能注意节俭，出使明朝的朝鲜使臣曾对朝鲜的国王说：“先皇帝或于用人，间以私意，今皇帝则铨注登庸一出于正，又性不喜宝玩之物，虽风雪不废朝会，临群臣皆以丧服，惟祀天祭用黄袍，臣等慰宴时不奏乐，不设杂戏，劝花置于床上而不簪，大抵先皇帝弊政一切更张矣。”宪宗生前爱穿用松江府所造大红细布裁制的衣，每年要向那里加派上千匹，而这种织品，用工繁浩，名虽为布，实际却用细绒织成。孝宗当时还是太子，内侍给他送来新裁制的衣服，他说：“用这种布缝制的衣服，抵得上几件锦锻衣服，穿它太浪费了。”遂谢而不用，他当了皇帝后，下令停止为皇宫织造此布。
一般身为九五之尊的皇帝，是三宫六院女人成群，其中佼佼者像唐玄宗和晋武帝之流，其后宫佳丽数量足可组建一个整编师，即使差到像光绪一样惨，也有一后二妃共三人，所谓一夫一妻似乎永远跟皇帝们无关。但朱佑