于是遭到抓捕。有人劝沈周去拜访王公贵族以便求得赦免，但沈周说：“我前去服役，这是义务；但要我去拜谒那些王公贵族，难道不是更加耻辱吗？”完成了所服务的劳役才回家。不久以后，太守入宫朝见皇上，主管选拔官员的部门就问太守道：“沈周先生还安康吗？”太守不知道该回答什么，随便回应道：“他没事。”拜见内阁，李东阳问他：“沈周先生有信吗？”太守更加惊愕，又随便回应道：“有信，但还没送到。”太守出来后，仓皇拜见侍郎吴宽，问他“沈周先生是什么人？”吴宽详备地说明沈周的样貌。太守询问周边的侍从，这才知道原来就是彩绘家中墙壁的先生，等到回来后，亲自拜访沈周家，拜两下，把过失归结于自己。
沈周，在元明以来文人画领域有承前启后的作用，他书法师黄庭坚，绘画造诣尤深，兼工山水、花鸟，也能画人物，以山水和花鸟成就突出。在绘画方法上，沈周早年承受家学，兼师杜琼，后来博取众长，出入于宋元各家，主要继承董源、巨然以及元四家黄公望、王蒙、吴镇的水墨浅绛体系。又参以南宋李、刘、马、夏劲健的笔墨，融会贯通，刚柔并用，形成粗笔水墨的新风格，自成一家。
沈周中年成为画坛领袖，技法严谨秀丽，用笔沉着稳练，内藏筋骨，晚年性情开朗，笔墨粗简豪放，气势雄浑。纵观沈周之绘画，技法全面，功力浑厚，在师宋元之法的基础上有自己的创造，进一步发展了文人水墨山水、花鸟画的表现技法，被誉为吴门画派领袖。
沈周的绘画为传统山水画作出了两大贡献：其一，融南入北，弘扬了文人画的传统。如沈周的粗笔山水，用笔融进了浙派的力感和硬度，丘壑增添了守人之骨和势，将南宋的苍茫浑厚与北宋之壮丽清润融为一体，其抒发的情感也由清寂冷逸而变为宏阔平和；其二，将诗书画进一步结合起来。沈周的书法学黄庭坚，书风“遒劲奇崛”，与他的山水画苍劲浑厚十分相似、协调。他又将书法的运腕、运笔之法运用于绘画之中。沈周同时还是一个诗人，至老年“踔厉顿挫，浓郁苍老”，他把这种诗风与画格相结合，使所作之画，更具有诗情画意。