照、海丰、寿张、阳谷、丘县、宁阳、曲阜、沂水、泗水、费县十城。当明军尾追而来时，他们又回师济宁，切断运河交通，焚毁明政府运粮船1200艘，活捉工部主事王宠。起义军分兵作战，刘六等仍然在山东直隶转战，不久又北上，准备绕过驻扎重兵的临清，突袭北京城，迫使明政府紧闭城门，同时调涿州、通州、良乡等驻军护卫京师。
刘六见明军有备，声东击西，挥师西向，转战河北雄县、易州等十余县，又南下河南。明廷除派陆完统军从山东追击外，又命副都御史彭泽提督军务，以咸宁伯仇钺为平贼将军，统率在晋陕守边的延绥、榆林诸路军马开进河南，以与陆完形成对起义军的包围之势。起义军采用机动灵活战术，趁东西两路明军合围之时，又北上进逼北京，陆完等明将大惊失色，恐北京有失，立即调派许泰等部追杀起义军，而杨虎、刘三则挺进河南和苏皖。
至此，起义军汇合成一支几十万人的大军，转战于北直隶、山东、山西、河南、湖广、南直隶、江西等省区。明朝官军东西奔命，义军如入无人之境，明政府命太监谷大用提督军务，除加派京营精锐部队以外，又增调宣府、大同、延绥守边的军队进入山东镇压起义。当时所调的军队有“京、边及卫所奏留京操官军二十余万，马三十万匹，其粮草之费，以正德六年一岁计，支太仓及各项银九十余万两”。据统计，明统治者调到山东境内镇压农民起义军的部队，约占全国总兵力的一半以上。
面对明军的重重围剿，起义军被迫兵分两路：以刘六、刘七、齐彦名为一路，刘六为首领；以杨虎、赵鐩、刘三、邢老虎为一路，杨虎为首领。他们时分时合，互为倚重，转战于河北、山东等地，攻打明军。
杨虎率领的一路起义军，在山东境内活动的时间不长，他们自沧州进入德州，又南下济南、泰安、兖州，再东进直至登州、莱州等地。后杨虎率军进入鲁西南，在此地突破明军的重兵包围，进入江苏、安徽境内。杨虎战死后，起义军由赵鐩统率，分28营，转战于河南、湖北间一年之久。“恃马力悠忽驰骤，栖野不战城郭，蹈虚不立方所”，官军则闻风丧胆，怯不能战，几无抵抗之力可言。
起义军渐渐落入下风，连战连败，刘惠、赵鐩部在宿州受挫退到湖北应山时，已