达到不可收拾的地步。赵鐩剃发为僧，披袈裟潜逃江夏，后为明军俘获，押解北京处死。刘惠亦屡败，在收拾残兵向河南转移过程中，被明军指挥王谨射中左目，刘惠见大势已去，自缢而死。义军主要将领刘资、邢本道、杨寡妇等首领也先后被俘，押解北京处死。
河南义军被剿平后，刘六刘七所部成为孤军，遂转入光山、确山。嗣后南走湖广，乘船到夏口、遭副都御史马炳然截击，交战中杀死马炳然。登陆后火焚汉口，随即为指挥满弼追及一战，战中刘六中箭与其子仲淮赴水牺牲。
刘六领导的这次起义，自起事至全部被消灭，前后持续3年，转战河北、山东、河南、湖北、江苏等九江省，三过北京，三攻南京，沉重地打击了统治阶级。为了镇压起义，明政府动用了大量财力，耗尽了府库之银，起义军所到之处，狠狠地打击了当地贪官污吏、地主豪绅。这次起义给明统治者一个沉重而深刻的教训，使明朝统治者认识到仅凭高压政策难以维持长久统治，必须要采取有力措施缓和社会矛盾。
起义失败的第二年，明政府下令减免京畿、山东、河南等地税粮，并宣布“流民复业者，官给廪食、庐舍、牛种，复五年”。朝廷内部也加以整顿，进行了杨廷和领导的改革，罢免了部分宦官，裁撤冗官，清查皇庄、官庄，退还给农民一部分土地。