受命，手握重兵，深感责任重大，深恐有负圣命，即上疏请辞帅印，分减兵权，武宗不允。丛兰又再次上疏请辞，武宗又不允。
丛兰来到边关后，即四处巡视，查勘敌情，整修军备，并令内地军民各筑堡入保，亦如塞下，在整饬边备的同时，丛兰还严号令，明赏罚，从严治军，从而使边关将士，在丛兰的精心治理下，边关各镇一时众志成城固若金汤。为了消灭蒙军的有生力量，彻底根除边患，丛兰坚壁清野，固守不出，一再示弱。
在丛兰骄敌深入之计下，蒙军不可一世，疯狂入侵，一再深入，见战机已现，奋然谓诸将曰：“贼志骄矣，取威服远，机不可失也！”。在丛兰的督阵指挥下，边关将士一拥而出，东西奋击，直杀得敌军丢盔卸甲、人仰马翻，很快便溃不成军，见大势已去，敌酋小王子不敢散掠久留，忙率残部宵夜遁去。可丛兰早有部署，他分部诸将十七人，伏兵要害，遣谍者往来传报，随时准备消灭逃窜之敌。当残敌逃至北塞，又为我军乘高据险邀击前后，歼者不可胜计。其虏酋小王子，亦断右臂而走，营中痛哭声昼夜不绝”此役战果辉煌，为数十年来，虏之挫衄未有若斯之甚者也，自此后，北寇胆寒，不敢复南牧矣，捷报传至京城，天颜喜甚，复赐敕奖励。
宁王朱宸濠起兵反叛，时为江北巡抚的丛兰，即请命移镇瓜州，率兵御之。在丛公的统率指挥下，江都军民密切协作，严加防备，不久便“擒伪谍数百”，从而使叛军孤立无援，惶惶不知所向，经过一年多的围剿，终被消灭殆尽，丛公由此又为自己的军旅生涯平添了一抹浓彩。
丛兰奉旨还朝，命总督漕运，兼巡抚凤阳诸郡，漕运为古时盐铁粮秣转运的命脉所在，关系到京都供应、军备保障和社稷安定等问题，所以历朝历代对此都非常重视。丛兰受命后不敢怠慢，即全身心地投入到漕运的勘查和整治之中，惩治贪恶，革新陈规，改立条约，疏浚河道，改善河工，呕心沥血，不遗余力，从而使漕运面貌大为改观。为了总结漕务，启示世人，他还“着《漕运录》行于时，从而为后世的漕运发展，留下了宝贵的资料。
丛兰身居督抚，位高权重，商贾环绕，馈赠不绝，但他不为所动，始终洁身自好，居尘不染。作为督抚重臣，丛兰处处以江山社稷为重，处处以百姓民