一一查革，戎政从而改观。
当时朝廷“大礼议”，首辅杨廷和等满朝文武要求世宗尊武宗的父亲孝宗为皇考，但世宗一意孤行要尊自己的父亲为皇考。有一新科进士张璁持力证支持皇帝，被杨廷和调往南京。据《明史》载，廖纪“持议与璁合”，被弹劾罢职。那么，廖纪到底是如何持议与璁合呢？据王世贞《弇州四部稿》载，廖纪问其部下：“张璁所议什么内容啊？”众人皆不答。方鹏曰：“是反对杨廷和的主张而已。”廖纪曰：“好！”其语稍稍传出。于是诸给事中、御史争以其他事弹劾廖纪。其实，关于推尊生父一事，很多大臣都知道理亏的。当时朝廷重臣杨一清正家居，从邸报上看到张璁的言论后说：“张璁此论，恐怕圣人复生也驳不倒他了。”杨廷和也觉得不妥，请人捎话张璁说：“你不应该去南京为官的，不要再以‘大礼说’为难我了！”廖纪在“大礼议|中仅仅支持“继统不继嗣”主张，其它的皆反对。一切源自他所推崇的中庸之道“诚者，天之道也。诚之者，人之道也”。
廖纪被荐为吏部尚书，廖纪婉辞曰：“臣年已七十，精力不如乔宇，聪明不如杨旦，二臣且去，臣何敢居于此。”嘉靖皇帝不允许，廖纪只好感激从命，进入朝廷权力中枢后，他无不践行着的“忠君忧国”的治国理念，把儒家治国平天下思想发挥得淋漓尽致。
廖纪因监修《献皇帝实录》成，受封太子太保，赐鞍马金币，又受封三孤之少保归休，其祖辈及夫人、孩子都得到封赠。自丘濬之后又一个海南人官至三孤，权倾朝野、威赫中原，乡人无不为之骄傲自豪。三孤，为明代官衔之至尊，非道尊德重者不能出任，人们把功劳归于他父亲的德行。