了一年又来边境上抢劫，假装着要向东打，王琼命令在西边做好战斗准备。贼寇果然钻了进来，官兵沉重地打击了它，各处番人被扫荡、平息后。西部边陲更加太平了。甘肃军民一向受吐鲁番人侵犯、欺凌，如今惟恐王琼离开，就一起请求当地守臣向朝廷上书，留下王琼别走。于是巡抚唐泽、巡按胡明善都上书叙述他的功劳，请听从甘肃军民的请求，世宗为此颁发诏书，奖励了王琼一番。
世宗厌恶杨廷和，怀疑朝中大臣都是他的同党，所以接连任用桂萼、方献夫主管吏部。等献夫离任后，世宗不想任用另外的人，所以久久不增补这个缺额，派行人拿着敕书前往召王琼回朝。然而吏部尚书、南京御史马敭等十人，上书痛骂王琼是先帝一朝遗留的大奸臣，使世宗大为恼怒，把马敭等人全都关进了诏狱中，并且对王琼表示安慰。
不久，马敭等也都官复原职了，花马池传来战报，兵部尚书王宪请派出部队。王琼说花马池战备严整，敌人无法攻入，朝廷大军抵达，敌军早已撤走，这样做只能白白耗费朝廷的人力、财力，王宪最终还是派出六千人援救，走到彰德时，敌人果然已先撤军。后来，王琼在任上去世，获赠为太师，谥号“恭襄”。