林富升任广西参政，当地经济落后，粮储素乏，林富上疏，请从广东拨银五万两购粮，充实库存，以利备荒，得到采纳。次年秋季入朝述职，林富“以治行卓异旌升广东右布政使”。在广东，林富一开始就遇到魏督学毁寺庙，各巨室妄图仗势霸占寺田，据为己有，林富力挽狂澜，以充军饷为主，另划部分为学田，让当地书院、社学、医学得以发展。后来，林富又领导修筑南海卫城等，增强南疆海防建设，为抗倭斗争和抵御西方殖民者做出贡献。
不久，林富被调往广西，两广都御史姚镆委以思田两州兵事，那里是少数民族地区。由于民族分裂主义者卢苏一伙反叛朝廷，扣压知府以下官属，四处掠抢，形势一时十分紧张。林富临危不惧，威恩兼施，分化瓦解敌人，最终促使卢苏率众七万降朝，为了巩固统一，林富又对“改土归流”政策具体化，建议思州宜流官即由明朝政府委人担任。田州士官，必不可废，但稍贬降，分其权，做到“上不失朝廷大体，下不失夷人心，”两全其美，遂行其议，广西各族人民进一步团结，经济得到发展。
因功劳卓着，林富离开广西后，去四川任左布政，连升都察院右副都御史。不久，他又出任兵部右侍郎兼右佥都御史，代总督之职，平息了广州、会宁等地叛乱，维护了国家统一，他还上六事疏，为会宁善后出谋献策，得到采纳。林富十分珍惜边疆安定，万民休养生息，反对轻举妄动。“富谓多杀非安边之策，奏请非甚棘，毋轻用兵”，与御史异议，只好多次上疏，乞休。
林富回莆后，建小亭于山东，家居二十年，卒年六十六，有《广西通志》和奏议二卷传世，后人又整理《省吾遗集》。