桂萼和张璁虽列名翰林，却不获参与经筵，不参与献皇帝实录的修纂，不参与教习庶吉士等。费宏去职后，情况才有改变，桂萼升任礼部右侍郎，杨廷和余党借李福达案倾陷赞议大礼的武定侯郭勋，而欲牵连加罪于桂萼诸臣。世宗痛恶旧党借事罗织，尽换三法司诸官，以桂萼署刑部，张璁署都察院，方献夫署大理寺，重审李福达案。会搜查御史马录私书，内阁贾咏及都御史张仲贤、工部侍郎闵楷、御史张英、大理寺寺丞汪渊等密谋陷害大礼诸臣的私书被发现，贾咏引罪致仕，其他人则纷纷下狱候审。
桂萼密承世宗风旨，认真审理此案，狱词颇详，该案最积极的策划者巡按山西监察御史马录承认犯了故入人罪，于是旧党利用李福达一案倾陷大礼诸臣的阴谋暴露无遗。桂萼等对该案进行判决，大略言李福达非白莲教，马录仇恨郭勋，构成冤狱，又列出了原来审理此案及与该案有关诸臣的罪过，世宗悉从桂萼所言，将该案编成《钦明大狱录》颁示天下。李福达获得释放，马录等论戍，其因此案逮系廷杖、戍边、削籍诸臣凡四十余人，桂萼等以平反有功，受到嘉奖。旧党犹借拾遗之例攻击桂萼，桂萼疏请斥逐杨廷和在言路的私党，实行科道互纠，世宗下令速举，于是京察和互纠罢黜科道十三人，旧党经过两次重大打击，一蹶不振，桂萼、张璁的政治地位日益巩固，赞议大礼的方献夫、霍韬、胡世宁、李承勋等渐居要职，朝局人事焕然一新。
桂萼执政后，发舒多年以来的政治抱负，革除现实社会中的不合理现象，积极主张均平赋役和清丈土地。桂萼久任地方，熟知下情，他悉心研究基层政权下的赋役之法，看到了业已推行的均徭法和十段册法的局限性。均徭法中的户等划分标准很不一致，户等一样，而实际丁产可能相去甚远;户等一样就要承担同等的差役，均徭法行之不久，它的弊病就暴露出来了。再说十段册法，实施其法必须对各户丁粮作彻底清理，在此基础上均分十段，乃能奏效。然而此地十段和彼地十段的丁产仍很难一致，徭役的负担仍不均平。
桂萼根据自己的经验，向朝廷提出了最新的赋役改革意见，桂萼进呈《任民考》疏，提出取消照黄册派定年份轮役的老办法，改以一省之丁粮供一省之役。时户部尚书梁材根据桂萼的建议，规定了新的赋役征法：“合