、吴国伦“相与为位，哭泣燕邸中。”杨继盛遭受迫害，含冤而死、宗臣不顾风险，敢冒生死，当场解衣覆尸，为之收殓，慰藉忠魂，此一震惊朝野的大冤狱，受牵连者甚众，连“后七子”之一的吴国伦，也因“倡众赙送，忤严嵩，假他事谪江西按察司知事。”宗臣当然也无例外的属于排斥之列了。终被排挤出为福建提学副使。此间，路过南京，游燕子矶，作《游燕子矶记》，并有“燕子矶头石鳞鳞”等诗篇。
宗臣一到任所，广受百姓爱戴，据近人黄云眉《明史考证》第七册有云：“臣迁福建提学副使时，移郡邑学宫弟子为约八篇，其第六为谈艺篇。”另据王先谦云：“临郡县，敝衣蔬食，屏绝供张，以躬行范诸生，见百姓疾苦，语谆谆不能休。”
宗臣到了福建的第二年，便发生了倭寇犯境之事，当时的情势颇令人发指，明代文学家归有光《备倭事略》有云：“倭寇犯境，百姓被杀死者几千人。流离迁徙，所在村落为之一空。迄今数月，其势益横。”更为可恶的是：“倭寇江南，用赵文华督察军情，大纳贿赂以遗嵩，致寇乱益甚。”不仅外敌猖獗，救援客兵亦甚非为。宗臣行军过汀州，戎马倥偬之际，作《滴水岩记》，并作《西征记》，记述客兵在汀州扰民之情景。记云：“是时，汀守徐君使使来问粤兵状，予报以尺牍，其词曰：‘归自建安则有护军之檄矣，其人咸虎而戟，日夜绳之，仅不掠涂，然亦其涂之人徙其鸡犬孥孺而内之他所，故免。足下幸传檄涂居者，毋纵鸡犬不收，毋不能一时去其孥孺以为护军使者忧也。’”又云：“其所经虽少焚劫，然鸡鸭鱼鳖门屏庐灶萧然矣，出瑞遂益大掠。而予间从舆中问父老，父老辄为予泣曰：‘吾民之苦，客兵甚于盗也。’夫当事者走千里召外击贼，岂不至急民哉，及其至，乃不肯发一矢，徒攫金而归也。”
作为护军使者的宗臣，不仅督察左右，日夜绳之，时尚暑气未消，秋阳又炽，客兵惧热，“不日驰而夜驰”，宗臣不辞劳顿，也“与之共驰，与不鸡鸣不停也。”当倭寇初入，来势甚猛，日益迫近，众皆惊惧不安，而宗臣神色自如。他一再告慰大家：“我在不忧贼也。”在抗击倭寇的战斗中，他虽是文质彬彬的一介书生，这时却俨然昂长七尺，顶天立地，雄姿英发，身先士卒。他把自己的卧榻安置在城楼之上