未被采纳，直到隆庆初才得以实现，“复官，谥襄毅”。面对功臣被诬，梁储选择的不是人云亦云，而是直面良心，有功之臣自当奖赏，反之则无法服众，士气也将受打击。彭泽这位大臣，先后讨平群盗，在以后朝政中也发挥了重大的作用，若是当时没有梁储的力辩，被免官的话，那将是朝廷的重大损失。
正德帝不体恤民之苦，恣意挥霍，嫌原有宫室不足供其享乐，便降旨重修乾清宫、坤宁宫，大兴土木，后又建造太素殿、天鹅房、船坞，加紧搜刮。梁储恳切规谏，上《请停工疏》“分投前去各处采取大木，烧造砖瓦，但时值民穷财尽之时，猝难办集，非惟工部以为忧，臣等皆切忧之，恨无方，略以佐经费，今大工，若将前项不急之工一并整理，则合用钱粮将何取给。取之官，则官无蓄积，取之民则民已经困敝。”劝正德皇帝节民力、固国本，但正德皇帝却当作耳边风，未采纳。
正德时期，宦官专权，梁储却从不与之为伍，武宗把政事交给陪伴他的八个宦官刘瑾、魏彬、马永成、谷大用等，时人称其为“八党”、“八虎”。由于受到正德帝的宠信纵容，他们骄横跋扈，刘瑾借机招权纳贿、打击异己、把持朝政，朝中大臣们都有所畏忌。有的人是阿谀逢迎，与宦官狼狈为奸，有的人则是宁愿丢乌纱也不依附阉党。梁储担任吏部尚书，是吏部的最高长官，职掌全国官吏的任免考选，刘瑾想拉拢梁储为其党羽，可梁储坚决不依附刘瑾之流，不屈从于权幸。刘瑾便恼羞成怒，对《明会典》吹毛求疵，摘录其中的小缺点，进行非难、诋毁，梁储便被降职为右侍郎。《孝宗实录》撰写完成之后，恢复原职。“瑾憾不已，传旨改南京吏部。”直到刘瑾被诛灭后，梁储才被武宗召回京，官复吏部尚书原职，并且加封为文渊阁大学士。
由于武宗喜好游乐，他身边的佞幸之人常引诱他四处巡游，其中钱宁和江彬是两个典型的人物。武宗本就喜好武事，江彬谈兵于帝前，深得武宗宠爱，引诱正德帝微行、后又怂恿巡幸宣府、南巡，所到之处任意索取，使得沿途官员疲于接待，给社会造成了极大的扰害。许多大臣们都谏阻，但是引发龙颜大怒，许多官员被狠狠廷杖，梁储在此事中亦多次犯颜直谏，请回銮，皇帝置若罔闻，但并未加罪于他，因为朝中政局还得倚重梁储、杨廷和、蒋