应。江西新昌的一个百姓王武率领一帮人做了贼盗，巡抚韩邦问不能杀了他，朝廷传令林俊前往巡视。林俊亲自走入王武的巢穴之中，王武便请为他效命，林俊把所有的贼党都给擒拿了。
孝宗发布诏书就让林俊取代邦问，林俊援引朱熹代唐仲友、包拯代宋祁的往事竭力推辞。孝宗不答应他的推辞。于是林俊改定政纲，使各种政务从此焕然一新。王府征收岁禄，大都向百姓多增收一倍，因为林俊说了话才大大削减了数额。宁王宸濠贪婪、横暴，林俊却屡次抑制他。宁王请把王府改为琉璃瓦，约费银两万两。林俊说应该保持原样，不要犯上像叔段请求京边肥地、吴王所得几杖的赏赐那样的不吉利。宁王恼了，一心想找他的茬子，却没抓到他什么把柄。后来碰到皇上生日，林俊却巡查自己的部属，就上书弹劾他，林俊因此被扣发了三个月的俸禄。不久他母亲去世，林俊就归乡守丧去了。
武宗继位后，言官纷纷荐举林俊，江西人在朝中做官的也联名上书请让林俊恢复原职。于是武宗提升林俊为右副都御史，再次让林俊去巡抚江西，但碰上林俊父亲去世，林俊在家守丧，没能上任。武宗起用林俊巡抚四川，眉州人刘烈发起叛乱，失败后逃走了，一帮不得志的人们假托刘烈的名字四出剽掠。林俊张榜绘像缉捕，没能抓到，恰好这时保宁的反贼蓝廷瑞、鄢本恕、廖惠等跟着闹起来，气势更加猖狂，从保宁转攻巴州。林俊在华垄突然撞上了他们，就乘坐一顶轿子独自到他们营前，给他们讲解利害关系，反贼听后就围着他下拜，愿意约定时间投降。后因为大雨连绵误了约定日期，他们就又叛走，打下了通江。
林俊在龙滩河打败了他们，又派遣知府张敏等人追击，在门镇子打败他们，捉住了廖惠。蓝廷瑞逃奔到陕西西乡，越过汉中三十六盘，到达大巴山。官军追上去，又把他打得大败。然后林俊移兵攻击泸州反贼曹甫，同时派人前往招安。后来，本恕、廷瑞被永顺的土着百姓彭世麟捉住。林俊论功升任右都御史。曹甫的余党方四逃到思南后又攻占南川、綦江，窥视泸州。林俊又多调了一些士兵，派副使何珊、李钺等把他们打得败逃而去。捷报传给朝廷后，武宗用加盖玉玺的诏书奖励了林俊。
林俊在部队里，与总督洪钟议事往往意见不一。一些太监的子弟要跟