，宸濠大疑，按兵不动。宁王犹疑不定，等了十多天，探知朝廷根本没有派那么多的兵来，才沿江东下，攻下九江、南康两城，逼近安庆。而在朱宸濠率兵六万自九江沿江而下、窥伺南京的时候，王守仁已经率领仓促组建的八万平叛军，直捣宁王的老巢——南昌，迫使朱宸濠回援。当时，有人建议王守仁往救安庆，他不肯说：如果救安庆，与宁王主力相持江上，而南康和九江的敌人就会乘虚攻我后背，我们腹背受敌；而我们直捣南昌，南昌守备空虚，我们的军队锐气正足，必可一举而下；宁王必定回救，到时我们迎头痛击，肯定会取胜，后来的事实果如王守仁所料。
此时守仁大军已集结完毕，宸濠精锐都前往安庆，留守南昌的兵力空虚，守仁率兵攻打南昌，宸濠回兵救南昌。最终双方在鄱阳湖决战，经过三天的激战，宁王战败被俘，宁王叛乱历时35天后宣告结束。然而，平叛大功却没有得到武宗的认同，武宗身边的佞幸之臣，平时与宁王交往密切，心态极端复杂，一些佞幸之臣希望王守仁将朱宸濠释放，然后再让已经南巡的武宗亲自“擒获”朱宸濠，以满足武宗的虚荣心。面对这样复杂的情势，王守仁急流勇退，他将朱宸濠交付当时尚属正直的太监张永，然后称病，以避免卷入更多的政治事端中。所以，终武宗一朝，王守仁平叛之功没有得到朝廷的封赏，直到世宗即位以后，王守仁才加官晋爵。
世宗即位，由藩王入继大统的世宗，在对王守仁有过短暂的赏识之后，便对这位非常能干的臣子采取了冷漠的态度。在世宗即位之际，王守仁因父老请归，世宗说王守仁有擒贼平乱之大功，正要论功行赏，不许他辞官。先升其为南京兵部尚书，不许他推辞，稍后又准许他顺路回去探视父亲，不久，加封王守仁为新建伯，世袭。
父亲王华去世，王守仁回乡守制，受邀在稷山书院讲学，又在绍兴创建阳明书院，其弟子亦开始讲学，传播“王学”。原配夫人诸氏去世，王守仁续娶张氏，并于次年喜得一子，在赴广西平叛前夜，在天泉桥留心学四句教法：无善无恶心之体，有善有恶意之动。知善知恶是良知，为善去恶是格物。
思恩、田州的民族首领卢苏、王受造反，总督姚镆不能平定，于是下诏让守仁以原先的官职兼左都御史，总督两广兼巡抚。黄绾借